生卒年均不详，约唐玄宗开元八年至宪宗元和五年间在世，年八十余岁。天宝末，避乱居剡溪，自号东海钓客。大历五年，（公元七七o年）北都留守薛兼训爱其文，奏为右卫率府仓曹军，不就。后客居泉州南安，结庐九日山中，自号南安居士。穴石为砚，注老子，终年不出。张建封闻系不可致，就加校书郎。姜公辅以直言罢为泉州别驾，朝夕与见，遂忘流落之苦。公辅卒，（公元八o五年）妻子在远方，系为营葬。与刘长卿、韦应物善，常以诗相赠答。后又东渡秣陵，卒。南安人思之，号其山为高士峰，建亭于上，名曰丽句亭。
天宝末年，秦系携带妻儿到剡溪避乱。大历五年(770年)，仆射薛兼训奏请朝廷授予秦系“右卫率府仓曹参军”(皇室禁卫官)。他“意所不欲，以疾辞免”。后因“家事获谤”，与妻子离异，离开剡溪，回到若耶溪旧居。
建中元年(780年)，秦系乘舟南下，隐居南安丰州九日山。他在西峰巨岩大松(俗传东晋时所植)下结庐筑室，偃卧栖息。
秦系在九日山，过着“不逐时人后，终年独闭关”的生活。读注老子《道德经》，经常在石崖水畔垂钓，自号“东海钓客”。
建中初(781～782年)，泉州刺史薛播常上山拜会秦系，逢年过节馈送牲礼酒食，但秦系从不到城里，尝作诗《答泉州薛播使君重阳赠酒》：“欲强登高无力也，篱边黄菊为谁开？共知不是浔阳客，那得王弘送酒来？”贞元四年(788年)秦系已经年过六旬，御史大夫张建封深知秦系不肯出来当官，奏请德宗，就地封他一个挂名的“校书郎”。
秦系隐居九日山12年后(792年)，姜公辅被贬为泉州别驾，也上九日山。两人结邻而居，饮酒赋诗，评史论文，十分投契，一起生活13年。席相为泉州刺史(791～794年)，常和欧阳詹等名士上九日山，陪秦系和姜公辅游览，并在生活上加以照顾。
元和元年(806年)，在姜公辅去世的第二年，秦系离开九日山，归吴越，渡秣陵(今南京)，过丹阳，云游四方，年80余卒。泉州人在九日山建亭纪念，称“秦君亭”；他隐居的西峰号“高士峰”。
戚戚复戚戚，送君远行役。行役非中原，海外黄沙碛。
伶俜独居妾，迢递长征客。君望功名归，妾忧生死隔。
谁家无夫妇，何人不离坼。所恨薄命身，嫁迟别日迫。
妾身有存殁，妾心无改易。生作闺中妇，死作山头石。
掩泪别乡里，飘飖将远行。茫茫绿野中，春尽孤客情。
驱马上丘陇，高低路不平。风吹棠梨花，啼鸟时一声。
古墓何代人，不知姓与名。化作路傍土，年年春草生。
感彼忽自悟，今我何营营。
朝采山上薇，暮采山上薇。岁晏薇亦尽，饥来何所为。
坐饮白石水，手把青松枝。击节独长歌，其声清且悲。
枥马非不肥，所苦常絷维。豢豕非不饱，所忧竟为牺。
行行歌此曲，以慰常苦饥。
雨露长纤草，山苗高入云。风雪折劲木，涧松摧为薪。
风摧此何意，雨长彼何因。百丈涧底死，寸茎山上春。
可怜苦节士，感此涕盈巾。
窈窕双鬟女，容德俱如玉。昼居不逾阈，夜行常秉烛。
气如含露兰，心如贯霜竹。宜当备嫔御，胡为守幽独。
无媒不得选，年忽过三六。岁暮望汉宫，谁在黄金屋。
邯郸进倡女，能唱黄花曲。一曲称君心，恩荣连九族。
栖栖远方士，读书三十年。业成无知己，徒步来入关。
长安多王侯，英俊竞攀援。幸随众宾末，得厕门馆间。
东阁有旨酒，中堂有管弦。何为向隅客，对此不开颜。
富贵无是非，主人终日欢。贫贱多悔尤，客子中夜叹。
归去复归去，故乡贫亦安。
凉风飘嘉树，日夜减芳华。下有感秋妇，攀条苦悲嗟。
我本幽闲女，结发事豪家。豪家多婢仆，门内颇骄奢。
良人近封侯，出入鸣玉珂。自从富贵来，恩薄谗言多。
冢妇独守礼，群妾互奇邪。但信言有玷，不察心无瑕。
容光未销歇，欢爱忽蹉跎。何意掌上玉，化为眼中砂。
盈盈一尺水，浩浩千丈河。勿言小大异，随分有风波。
闺房犹复尔，邦国当如何。
心亦无所迫，身亦无所拘。何为肠中气，郁郁不得舒。
不舒良有以，同心久离居。五年不见面，三年不得书。
念此令人老，抱膝坐长吁。岂无盈尊酒，非君谁与娱。
揽衣出门行，游观绕林渠。澹澹春水暖，东风生绿蒲。
上有和鸣雁，下有掉尾鱼。飞沉一何乐，鳞羽各有徒。
而我方独处，不与之子俱。顾彼自伤己，禽鱼之不如。
出游欲遣忧，孰知忧有馀。
春旦日初出，曈曈耀晨辉。草木照未远，浮云已蔽之。
天地黯以晦，当午如昏时。虽有东南风，力微不能吹。
中园何所有，满地青青葵。阳光委云上，倾心欲何依。
