曾肇治平四年（1067）中进士，初为黄岩县主簿、郑州教授，后调崇文阁校书、馆阁校勘兼国子监直讲、太常寺同知。到崇文院后对秦汉以来的礼仪之规增补修正，使其完善，同时删定《九域志》，得到宋神宗嘉许，调国史馆编修，进吏部郎中，改右司，为《神宗实录》检讨。元祐初（1086），任起居舍人，不久为中书舍人。多次谏言朝廷应辩邪正，少宴乐，因意见不合，辞给事中职，以宝文阁待制知颍州（今安徽阜阳），调知邓州（今河南邓县）、齐州（今济南）、陈州（今河南淮阳）及应天府（今南京）。元祐七年，调为吏部侍郎，又因有关祭祀一事，改刑部，出知徐州、江宁府。
元祐八年（1093）十月，宋哲宗继位，起用一些旧臣，召曾肇入朝。曾肇建议选用忠信端良之士，防止近臣参政，遭贵戚攻击，出知瀛州（今河北河间）。绍圣四年（1097），前史官范祖禹等在修撰神宗《实录》时有讥讪言语，被降罪。曾肇参与修撰，亦被降调滁州。后复为集贤殿修撰，出知泰州、海州（今连云港市）。
元符三年（1100）正月，宋徽宗即位。曾肇复为中书舍人，上疏建议广开言路，昭雪元祐党人，改任翰林学士兼侍读，掌管起草诏令。时有谏官陈灌、给事中龚原以言获罪，无人敢救，曾肇挺身而出，极力进行辩解。建中靖国元年（1101），因兄布在相位，避嫌拜龙图阁学士，提举中太一宫。出知陈州，再任太原、应天府、扬州、定州（今湖北麻城）地方长官。修《哲宗实录》、《神宗宝训》、《国朝会要》，提举中太一宫。后出知陈、扬、定、岳、和州，历太原、应天府。
崇宁元年（1102），元祐期间的士大夫再度遭贬，曾肇亦被放逐到和州（今安徽和县）、岳州（今湖南岳阳），再贬到濮州（今山东鄄城）为团练副使，最后到汀州。四年，得以归。
大观元年（1107）卒于镇江。
事英、神、哲、徽四朝，共40余年，践14州，任吏、户、刑、礼四部侍郎，两为中书舍人。卒后30余年才被追封为曲阜县开国侯，赠少师，绍兴初谥“文昭”。明王世贞谓其书“如玉环拥（“九”加“重”），自是太平人物”。
东皇太一
吉日兮辰良，穆将愉兮上皇；
抚长剑兮玉珥，璆锵鸣兮琳琅；
瑶席兮玉瑱，盍将把兮琼芳；
蕙肴蒸兮兰藉，奠桂酒兮椒浆；
扬枹兮拊鼓，疏缓节兮安歌；
陈竽瑟兮浩倡；
灵偃蹇兮姣服，芳菲菲兮满堂；
五音纷兮繁会，君欣欣兮乐康。
云中君
浴兰汤兮沐芳，华采衣兮若英；
灵连蜷兮既留，烂昭昭兮未央；
謇将憺兮寿宫，与日月兮齐光；
龙驾兮帝服，聊翱游兮周章；
灵皇皇兮既降，猋远举兮云中；
览冀洲兮有余，横四海兮焉穷；
思夫君兮太息，极劳心兮忡忡；
湘君
君不行兮夷犹，蹇谁留兮中洲；
美要眇兮宜修，沛吾乘兮桂舟；
令沅湘兮无波，使江水兮安流；
望夫君兮未来，吹参差兮谁思；
驾飞龙兮北征，邅吾道兮洞庭；
薜荔柏兮蕙绸，荪桡兮兰旌；
望涔阳兮极浦，横大江兮扬灵；
扬灵兮未极，女婵媛兮为余太息；
横流涕兮潺湲，隐思君兮陫侧；
桂棹兮兰枻，斵冰兮积雪；
采薜荔兮水中，搴芙蓉兮木末；
心不同兮媒劳，恩不甚兮轻绝；
石濑兮浅浅，飞龙兮翩翩；
交不忠兮怨长，期不信兮告余以不闲；
朝骋骛兮江皋，夕弭节兮北渚；
鸟次兮屋上，水周兮堂下；
捐余玦兮江中，遗余佩兮醴浦；
采芳洲兮杜若，将以遗兮下女；
时不可兮再得，聊逍遥兮容与。
湘夫人
帝子降兮北渚，目眇眇兮愁予；
袅袅兮秋风，洞庭波兮木叶下；
登白薠兮骋望，与佳期兮夕张；
鸟何萃兮苹中，罾何为兮木上？
沅有茝兮醴有兰，思公子兮未敢言；
荒忽兮远望，观流水兮潺湲；
麋何食兮庭中，蛟何为兮水裔；
朝驰余马兮江皋，夕济兮西澨；
闻佳人兮召余，将腾驾兮偕逝；
筑室兮水中，葺之兮荷盖；
荪壁兮紫坛，播芳椒兮成堂；
桂栋兮兰橑，辛夷楣兮药房；
罔薜荔兮为帷，擗蕙櫋兮既张；
白玉兮为镇，疏石兰兮为芳；
芷葺兮荷屋，缭之兮杜衡；
合百草兮实庭，建芳馨兮庑门；
九嶷缤兮并迎，灵之来兮如云；
捐余袂兮江中，遗余褋兮醴浦；
搴汀洲兮杜若，将以遗兮远者；
时不可兮骤得，聊逍遥兮容与！
大司命
广开兮天门，纷吾乘兮玄云；
令飘风兮先驱，使涷雨兮洒尘；
君回翔兮以下，逾空桑兮从女；
纷总总兮九州，何寿夭兮在予；
高飞兮安翔，乘清气兮御阴阳；
吾与君兮齐速，导帝之兮九坑；
灵衣兮被被，玉佩兮陆离；
一阴兮一阳，众莫知兮余所为；
折疏麻兮瑶华，将以遗兮离居；
老冉冉兮既极，不寖近兮愈疏；
乘龙兮辚辚，高驰兮冲天；
结桂枝兮延伫，羌愈思兮愁人；
愁人兮奈何，愿若今兮无亏；
固人命兮有当，孰离合兮何为？
少司命
秋兰兮麋芜，罗生兮堂下；
绿叶兮素华，芳菲菲兮袭予；
夫人兮自有美子，荪何以兮愁苦；
秋兰兮青青，绿叶兮紫茎；
满堂兮美人，忽独与余兮目成；
入不言兮出不辞，乘回风兮载云旗；
悲莫悲兮生别离，乐莫乐兮新相知；
荷衣兮蕙带，儵而来兮忽而逝；
夕宿兮帝郊，君谁须兮云之际；
与女沐兮咸池，曦女发兮阳之阿；
望美人兮未来，临风怳兮浩歌；
孔盖兮翠旌，登九天兮抚彗星；
竦长剑兮拥幼艾，荪独宜兮为民正。
东君
暾将出兮东方，照吾槛兮扶桑；
抚余马兮安驱，夜皎皎兮既明；
驾龙輈兮乘雷，载云旗兮委蛇；
长太息兮将上，心低徊兮顾怀；
羌声色兮娱人，观者儋兮忘归；
縆瑟兮交鼓，萧钟兮瑶簴；
鸣篪兮吹竽，思灵保兮贤姱；
翾飞兮翠曾，展诗兮会舞；
应律兮合节，灵之来兮敝日；
青云衣兮白霓裳，举长矢兮射天狼；
操余弧兮反沦降，援北斗兮酌桂浆；
撰余辔兮高驰翔，杳冥冥兮以东行。
河伯
与女游兮九河，冲风起兮水扬波；
乘水车兮荷盖，驾两龙兮骖螭；
登昆仑兮四望，心飞扬兮浩荡；
日将暮兮怅忘归，惟极浦兮寤怀；
鱼鳞屋兮龙堂，紫贝阙兮珠宫；
灵何惟兮水中；
乘白鼋兮逐文鱼，与女游兮河之渚；
流澌纷兮将来下；
子交手兮东行，送美人兮南浦；
波滔滔兮来迎，鱼鳞鳞兮媵予。
山鬼
若有人兮山之阿，被薜荔兮带女萝；
既含睇兮又宜笑，子慕予兮善窈窕；
乘赤豹兮从文狸，辛夷车兮结桂旗；
被石兰兮带杜衡，折芬馨兮遗所思；
余处幽篁兮终不见天，路险难兮独后来；
表独立兮山之上，云容容兮而在下；
杳冥冥兮羌昼晦，东风飘兮神灵雨；
留灵修兮憺忘归，岁既晏兮孰华予；
采三秀兮于山间，石磊磊兮葛蔓蔓；
怨公子兮怅忘归，君思我兮不得闲；
山中人兮芳杜若，饮石泉兮荫松柏；
君思我兮然疑作；
雷填填兮雨冥冥，猿啾啾兮狖夜鸣；
风飒飒兮木萧萧，思公子兮徒离忧。
国殇
操吴戈兮被犀甲，车错毂兮短兵接；
旌蔽日兮敌若云，矢交坠兮士争先；
凌余阵兮躐余行，左骖殪兮右刃伤；
霾两轮兮絷四马，援玉枹兮击鸣鼓；
天时怼兮威灵怒，严杀尽兮弃原野；
出不入兮往不反，平原忽兮路超远；
带长剑兮挟秦弓，首身离兮心不惩；
诚既勇兮又以武，终刚强兮不可凌；
身既死兮神以灵，魂魄毅兮为鬼雄。
礼魂
成礼兮会鼓，传芭兮代舞；
姱女倡兮容与；
春兰兮秋菊，长无绝兮终古。
