本论第一方用桂枝汤者，以初春余寒之气未消，虽曰风温（系少阳之气），少阳紧承厥阴，厥阴根乎寒水，初起恶寒之证尚多，故仍以桂枝为首，犹时文之领上文来脉也。本论方法之始，实始于银翘散。
吴按：六气播于四时，常理也。诊病者，要知夏日亦有寒病，冬日亦为温病，次年春夏尚有上年伏暑，错综变化，不可枚举，全在测证的确。本论凡例内云：除伤寒宗仲景法外，俾四时杂感，朗若列眉，后世学人，察证之时，若真知确见其为伤寒，无论何时，自当仍宗仲景；若真知六气中为何气，非伤寒者，则于本论中求之。上焦篇辨伤寒温暑疑似之间最详。
卷一·上焦篇
序 原病篇 风温、温热、温疫、温 暑温 伏暑 湿温、寒湿 温疟 秋燥 补秋燥胜气论卷二·中焦篇
风温、温热、温疫、温 暑温、伏暑 寒湿 湿温 秋燥卷三·下焦篇
风温、温热、温疫、温 暑温、伏暑 寒湿 湿温 秋燥卷四·杂说
汗论 方中行先生或问六气论 伤寒注论 风论 医书亦有经子史集论 本论起银翘散论 本论粗具规模论 寒疫论 伪病名论 温病起手太阴论 燥气论 外感总数论 治病法论 吴又可温病禁黄连论 风温、温热气复论 治血论 九窍论 形体论卷五·解产难
解产难题词 产后总论 产后三大证论一 产后三大证论二 产后三大证论三 产后瘀血论 产后宜补宜泻论 产后六气为病论 产后不可用白芍辨 产后误用归芎亦能致螈 产后当究奇经论 下死胎不可拘执论 催生不可拘执论 产后当补心气论 产后虚寒虚热分别论治 保胎论一 保胎论二卷六·解儿难
解儿难题词 儿科总论 俗传儿科为纯阳辨 儿科用药论 儿科风药禁 痉因质疑 湿痉或问 痉有寒热虚实四大纲论 小儿痉病螈病共有九大 小儿易痉总论 痉病螈病总论 六气当汗不当汗论 疳疾论 痘证总论 痘证禁表药论 痘证初起用药论 治痘明家论 痘疮稀少不可恃论 痘证限期论 行浆务令满足论 疹论 泻白散不可妄用论 万物各有偏胜论 草木各得一太极论