元丰八年（1085年）九月十三日，李格非为已故同里人、家住明水以西廉家坡村的齐鲁著名隐士廉复撰写《廉先生序》一文，述其平生，证其为人，传其不朽。宋哲宗元祐元年（1086年），官太学录。他专心著述，文名渐显，于宋哲宗元祐六年（1091年），“再转博士，以文章受知于苏轼”，与廖正一、李禧、董荣同在馆职，俱有文名，称为苏门“后四学士”。同年十月，哲宗幸太学，李格非奉命撰《元祐六年十月哲宗幸太学君臣唱和诗碑》。元祐四年（1089年），官大学正。

绍圣元年（1094年），章惇为相，立局编类元佑诸臣章疏，召李格非为检讨，拒不就职，因而得罪，遂被外放为广信军（今河北徐水遂城西）通判。任职期间“有道士说人祸福或中，出必乘车，氓俗信惑。格非遇之途，叱左右取车中道士来，穷治其好，杖而出诸境”。表现出厌恶邪术、不信鬼神、反对迷信的思想。绍圣二年（1095年），李格非召为校书郎，著作佐郎。是年撰成他的传世名文《洛阳名园记》。《宋史·李格非传》云：“尝著《洛阳名园记》，谓洛阳之盛衰，天下治乱之候也。其后洛阳陷于金，人以为知言。”《洛阳名园记》10卷，记洛阳名园，自富郑公（富弼）以下凡19处。北宋朝廷达官贵人日益腐化，到处营造园圃台谢供自己享乐，李格非在对这些名园盛况的详尽描绘中，寄托了自己对国家安危的忧思。绍圣四年（1097年），李格非升任礼部员外郎。

宋徽宗崇宁元年（1102年），朝廷内排挤元祐旧臣。李格非因名列“元祐党”，被罢官。《宋史·李格非传》：“提点京东路刑狱，以党籍罢。”根据元祐党人“不得与在京差遣”的规定，李格非只得携眷返归明水原籍。崇宁五年（1106年）正月，毁元祐党人碑，大赦天下，除一切党人之禁，叙复元祐党人（见《宋史·徽宗纪》）。李格非与吕希哲、晁补之等“并令吏部与监庙差遣”（《续资治通鉴拾补》），但禁止到京师及近钱州县。“监庙”是一个没有实权的空头职衔，故此后李格非仍在原籍居住。大观二年（1108年）三月八日，李格非曾陪同当时的齐州知州梁彦深游于历山东侧佛慧山下的甘露泉，并镌文于“秋棠池旁之石壁上，题名曰：“朝请郎李格非文叔”（乾《历城县志》）李格非卒年不详，《宋史·李格非传》仅载：“卒，年六十一。”

李格非刻意于词章，诗文俱工致，尝言：“文不可以苟作，诚不著焉，则不能工。”刘克庄评论其“文高雅条鬯，有意味，在晁、秦之上，诗稍不逮”，然亦多佳篇（《后村诗话》续集卷三）。《洛阳名园记》为其散文代表作，南宋楼昉谓其文“不过二百字，而其中该括无限盛衰治乱之变，意有含蓄，事存鉴戒，读之令人感叹”（《崇古文诀》卷三二）。也能诗，《过临淄》、《试院》等篇清朗雅洁，为人所诵（《后村诗话》续集卷三）。著有诗文四十五卷，今已佚（同上书）。其《洛阳名园记》自宋时即有单刻本行世，今存《百川学海》本、《宝颜堂秘笈》本、《津逮秘书》本、《四库全书》本。《全宋诗》卷一○三一录其诗九首。《全宋文》卷二七九二收其文一卷。事迹见《东都事略》卷一一六、《宋史》卷四四四本传。

李格非著作颇丰。《宋史·艺文志》载，李格非有《礼记精义》十六卷、《史传辨志》五卷、《洛阳名园记》一卷、《永洛城记》一卷。又，《遂书堂书目》及《后村先生大全集·诗话续集》载《李格非集》四十五卷、《涧泉日记》卷上载有《济北集》、张邦基《墨庄漫录》载有《历下水记》。只可惜各书皆佚，现仅有《洛阳名园记》一卷传世。

李格非现存遗文、断篇及书目可知者尚有《廉先生序》（《章丘县志》）、《书战国策后》（南宋绍兴丙寅姚宏《重校战国策·叙录》）、《人元柏六年十月哲宗幸大学君臣唱和诗碑》（《枫窗小犊》）、《傅尧俞疏》（毕沅《中州金石志》）、《破墨癖说》（张邦基《墨庄漫录》）、《杂书》二篇（《墨庄漫录》、《人冷斋夜话》）、《李格非论文章》（彭乘《墨客挥犀》）、《祭李清臣文》（《后村先生大全集·诗话续集》）。

齐鲁书社出版中国孔子基金会《儒家石头上的文献——曲阜碑文录》，第169页可见现存于曲阜孔林思堂之东斋的北墙南起第一方石碣刻，上面写有：“提点刑狱、历下李格非，崇宁元年(1102年)正月二十八日率褐、过、迥、逅、远、迈，恭拜林冢下。”