宋亡之后,熊禾誓不仕元,"遂束书入武夷山"(清·董天工《武夷山志》),在五曲晚对峰构筑隐居学习的"洪源书室"。隐居之初，以其崇高的气节和精深的学识吸引了一大批学者和文士,人们尊其为师长,同其研讨义理。为此，熊禾开始在书室讲学。"四方来学者云集,粝食涧饮，日以孔孟之道相磨石龙。"(民国《崇安县新志》)因而盛誉天下。当时的学者名流，诸如胡庭芳、詹君履等人都曾特来拜访，而求学者更多得难以计数。熊禾为此着手改建书室，将"洪源书室"扩建为"洪源书院"。胡庭芳虽为易学大家,造诣颇深,名重一方，但也经常到洪源书院与熊禾论道。熊禾亦有多篇文字送胡庭芳，阐发自己的理学精要。熊禾十分敬仰朱熹。他在卜居武夷山的12年中，通览朱子诸书,选择其中精要者辑为一册《文公要语》,为人们研习朱熹的思想、理论,提供了极有益的帮助。在洪源书院期间,熊禾还分别上《重修武夷书院疏》、《重建朱文公神道门疏》，以期弘扬朱子之学。

熊禾居武夷12年,回到家乡建阳熊墩,在鳌峰之麓重建鳌峰书院，讲学著述,以奉先圣,继承理学道统。因书院门对云谷，改称云谷书院，四方学者接踵而至。

熊禾是朱熹的三传弟子,深受其学说影响,视朱熹为孔子之二,认为朱熹的著述继往圣绝学,开万世太平，其学术影响，关系到国家存亡，民心向背。有"宇宙间三十六名山，地未有如武夷之胜；孔孟后千五百余载，道未有如文公之尊"之句(清《武夷山志·重建武夷书院疏》)。熊禾对朱熹的评价，得到后人的赞同，为朱熹在儒家道统中奠定崇高的地位。