刘元卿从小发奋读书，隆庆四年（1570年）在江西乡试中夺魁，后来在他人的推荐下，带着向朝廷的上书和文卷参加会试，但因“五策伤时，忏张居正”，未获取录，还险遭杀身之祸。隆庆六年（1572年）他创立复礼书院。万历二年（1574年）再次参加考试，又没有被取录，于是绝意功名，回到家乡，研究理学，收徒讲学。

万历七年（1579年）神宗诏毁书院，全国大多数书院被迫停办，而刘元卿把复礼书院改名为“五谷神祠”，仍聚众讲学如故。后来学禁解除，复礼书院又恢复原名，此后名声更大，“道日益隆，誉日益广”。复礼书院有严密的学规，且教育质量好，以致湖南、湖北等省的有志之士都不远千里来此求学，海内学者对刘元卿的学识非常钦佩，誉他为“泰山北斗”。刘元卿还创办了识仁、中道、一德等书院，至此，他与当时省内名流吴康斋、邓潜谷、章本清齐名，被人们称为“江右四君子”。

随着知名度扩大，不少官员多次上书朝廷，推荐刘元卿，称刘元卿为“负迈俗之志节，蕴济世之经纶”。皇帝非常重视，授他为“国子博士”、“阶承德郎”衔，特别下旨叫刘元卿去京城做官。但刘元卿悉心讲学，不肯去做官。后来皇帝又再次派员催他赴任，刘元卿再三推辞不掉，只好应召入京。不久，即升礼部主事。在朝三年，他提出了许多有利于封建王朝的举措，在《请举朝讲疏》、《节制贡吏疏》、《直陈御倭第一要务疏》中，阐述了自己的政治主张，对于革除弊政、安定边陲、抵御外侮都是非常有利的。可惜刘元卿的这些政治主张，得不到皇帝的采纳，于是他称病辞归，告老还乡。

刘元卿人称“正学先生”，从弱冠至暮年，一生孜孜于理学。据《明儒学案》载：“先生初游青原山，闻之与人曰：青原诗书之地也，自两邹公子（邹守益的儿子汝梅、汝先）来后，此风遂绝矣。先生契其言。两邹与之谈学，遂有愤悱之意。因而考索于先儒语录，未之有得也。”从此诱发了刘元卿从事王守仁理学研究的兴趣。他开始在当地求学，但所得不深，于是离乡背井，远游从师。他先后到浙江、湖北等地拜高人为师，经过自己努力求索，成为该学派承前启后的重要人物。刘元卿既能吸收他人之长，又能坚持自己的见解。他以“存守本体，随事躬行”作为一生的言行准则，不信道教，也不信佛教。正如他在《小引自赞》里说的：“不礼释迦，不羡王乔，此泸潇之所以为泸潇，亦泸潇之所以止于泸潇也。”刘元卿的理学思想，在江右王门学派中，占有重要的地位。刘元卿逝世后，《明史》为他立了传，明朝名流邹元标为他撰写墓志铭，赞其“流风余韵，百世犹师”。