孔子出生在鲁国昌平乡的陬（ｚōｕ，邹）邑。他的祖先是宋国人，叫孔防叔。防叔生伯夏，伯夏生了叔梁纥（ｈé，禾）。叔梁纥年老时娶颜姓少女才生了孔子，那是他们到尼丘山向神明祷告后而得孔子的。鲁襄公二十二年（前551）孔子诞生。他刚出生时头顶是凹下去的，所以就给他取名叫丘。字仲尼，姓孔氏。
孔子出生不久叔梁纥就死了，埋葬在防山。防山在鲁国东部，因此孔子无法确知父亲的坟墓在何处，是母亲没有把父亲埋葬的地方告诉他。孔子小时候做游戏，常常摆起各种祭器，学做祭祀的礼仪动作。孔子的母亲死后，就把灵柩暂且停放在五父之衢，这是出于慎重没有马上埋葬。陬邑人輓父的母亲把孔子父亲的葬地告诉了他，然后孔子才把母亲迁去防山同父亲葬在一起。
孔子腰间还系着孝麻带守丧时，季孙氏举行宴会款待名土，孔子前往参加。季孙氏的家臣阳虎阻挠说：“季氏招待名士，没有请你啊。”孔子因此而退了回来。
孔子十七岁那年，鲁国大夫釐子病危，临终前告诫儿子懿子说：“孔丘这个人，是圣人的后代，他的祖先在宋国灭败。他的先祖弗父何本来继位做宋国国君，却让位于他的弟弟厉公。到他的另一个先祖正考父时，历佐宋戴公、宋武公、宋宣公三朝，三次受命一次比一次恭敬，所以正考父鼎的铭文说：‘第一次任命鞠躬而受，第二次任命时弯腰而受，第三次任命时俯首而受。走路时避开道路中央，靠墙而行，也没人敢欺侮我；我就在这个鼎中做些面糊粥以糊口度日。’他就是这般恭谨节俭。我听说圣人的后代，虽不一定做国君执政，但必定会有才德显达的人出现。如今孔子年少而好礼，他不就是才德显达的人吗？如果我死了，你一定要以他为师。等到孟釐子死后，孟懿子和鲁国人南宫敬叔便前往孔子处学礼。这一年，季武子死了，由平子继承了卿位。
孔子家境贫穷，社会地位低下。到长大之后，曾给季氏做过管理仓库的小吏，出纳钱粮算得公平准确；也曾提任过管理牧场的小吏，牲畜蕃息。因此他又升任主管营建工程的司空。过了不多久，他离开了鲁国，在齐国受到排斥，在宋国、卫国遭遇到驱逐，又在陈国和蔡国之间被围困，最后又返回了鲁国。孔子身高九尺六寸，人们都称他为“长人”，觉得他与一般人不一样。鲁国后来对他好了，所以他终于返回了鲁国。
鲁国人南宫敬叔对鲁昭公说：“请让我与孔子一起到周去。”鲁昭公就给了他一辆车子、两匹马，一名童仆，随他出发，到周去学礼，据说是见到了老子。告辞时，老子送他们时说：“我听说富贵的人是用财物送人，品德高尚的人是用言辞送人。我不是富贵的人，只能窃用品德高尚人的名号，用言辞为您送行。这几句话是：‘聪明深察的人常常受到死亡的威胁，那是因为他喜欢议论别人的缘故；博学善辩识见广大的人常遭困厄危及自身，那是因为他好揭发别人罪恶的缘故。做子女的忘掉自己而心想父母，做臣下的要忘掉自己而心存君主。’孔子从周回到鲁国之后，跟从他学习的弟子就渐渐多起来了。
在这个时候，晋平公yín乱无道，韩氏、赵氏、魏氏、中行氏、范氏、知氏六家大臣把持国政，不断出兵攻打东边的侯国，楚灵王军队强大，也时常侵犯中原各国；齐是大国又靠近鲁国。鲁国既小又弱，归附楚国就惹怒晋国；归附晋国就招致楚国来讨伐；对于齐国如果奉事不周到，齐国的军队就侵犯鲁国。
鲁昭公二十年（前522），这时孔子大是三十岁了。齐景公带着婴来到鲁国，景公问孔子说：“从前秦公国家小而又处于偏僻的地方，他能够称霸，这是什么原因呢？”孔子回答说：“秦国虽小，志向却很大；所处地方虽然偏僻，但施政却很恰当。秦穆公亲自拔用五张黑公羊皮赎来的百里奚，授给他大夫的官爵，把他从拘禁中一解救出来，就与他一连谈了三天的话，随后就把执政大权交给他了。用这种精神来治理国家，就是统治整个天下也是可以的，他当个霸主还算是小的呢。”景公听了很高兴。
孔子三十五岁的时候，季平子因为与郈昭伯斗鸡怨的事得罪了鲁昭公，昭公率军队攻打平子，平子和孟孙氏、叔孙氏三家联合攻打昭公，昭公的军队吃了败仗，逃奔到齐国，齐国把昭公安置在乾侯这个地方。其后过了不久，鲁国发生了变乱。孔子来到齐国，做了高昭子的家臣，想借高昭子的关系接近景公。他与齐国的乐官谈论音乐，听到了舜时的《韶》乐，就学习了起来，有三个月的时间竟尝不出肉的味道，齐国人都称赞他。
齐景公向孔子请教如何为政，孔子说：“国君要像国君的样子，臣子要像臣子的样子，父亲要像父亲的样子，儿子要像儿子的样子。”景公听了后说：“对极了！假如国君不像个国君，臣子不像个臣子，父亲不像个父亲，儿子不像个儿子，即使有很多的粮食，我怎么能吃得着呢！”改日景公又向孔子请教为政的道理，孔子说：“管理国家最重要的是节约开支，杜绝浪费。”景公听了很高兴，打算把尼谿的田地封赏给孔子。晏婴劝阻说：儒者这种人，能说会道，是不能用法来约束他们的；他们高傲任性自以为是，不能任为下臣使用；他们重视丧事，竭尽哀情，为了葬隆重而不惜倾家荡产，不能让这种做法形成风气；他们四处游说乞求官禄，不能用他们来治理国家。自从那些圣贤相继下世以后，周王室也随之衰微下去，礼崩乐坏已有好化时间了。现在孔子讲究仪容服饰，详定繁琐的上朝下朝礼节，刻意于快步行走的规矩，这些繁文缛节，就是几代人也学习不完，毕生也搞不清楚。您如果想用这套东西来改变齐国的风俗，恐怕这不是引导老百姓的好办法。”之后，齐景公虽然很有礼貌地接见孔子，可不再问起有关礼的问题了。有一天，景公慰留孔子说：“用给季氏那样高的待遇给您，我做不到。”所以就用上卿季孙氏、下卿孟孙氏之间的待遇给孔子。齐国的大夫中有人想害孔子，孔子听到了这个消息。景公对孔子说：“我已年老了，不能作用你了。”孔子于是就离开齐国，返回了鲁国。
孔子四十二岁那年，鲁昭公死在齐国的乾侯，鲁定公继位。定公继位的第五年夏天，季平子死了，季恒子继立为上卿。季桓子气掘井时掘得一个腹大口小的陶器，里面有个像羊的东西，告诉孔子时却谎称“得到一只狗”。孔子说：“据我所知，那里面是羊。我听说，山林中的怪物是一种叫‘夔’的单足兽和会学人声的山精‘罔阆’，水中的怪物是神龙和叫‘罔象’的水怪，泥土中的怪物是一种雌雄未明的‘坟羊’。”
吴国攻打越国，把越国的国都会稽摧毁了，得到一节骨头，有一辆车长。吴国派使者来问孔子：“什么骨头最大？”孔子说：“大禹召集群神到会稽山，防风氏迟到，大禹就把他杀死并陈尸示众，他的骨头一节就有一车长，这就是最大的骨头了。”吴国的使者又问：“那神又是谁呢？”孔子说：“山川的神灵能兴云致雨足可造福天下，负责监守山川按时祭祀的就是神。守土地和谷物的就是公侯，他们都隶属于王者”。吴使又问：“防风氏是监守什么的？”孔子说：“汪罔氏的郡长监守封山和禺山一带的祭祀，是釐姓。在虞、夏、商三叫汪罔，在周叫长翟，现在叫做大人。”吴使问：“人的身高有多少？”孔子回答说：“僬侥氏身高三尺，是最矮的了；高的不过三丈，数得上是最高的了。”吴国使者听了之后说：“了不起呀圣人！”
季桓子有个宠臣叫仲梁怀，与阳虎有怨仇。阳虎想要驱逐仲梁怀，季氏家臣公山不狃阻止了他。这年秋天，仲梁怀更加骄横了，阳虎把捉了起来。季桓子对此很恼怒，阳虎就把季桓子也囚禁了起来，直到季桓认输订立了盟约才把他释放出来。阳虎从此以后更加看不起季氏。季氏办事也竟然凌驾于鲁君之上，鲁国出现了大臣专权的局面。因此鲁国自大夫以下都不守礼分，超越职权违背了正道。所以孔子不愿意再在鲁国做官了，退闲在家，专心研究整理《诗》、《书》、《礼》、《乐》这些典籍，学生们越来越多，有的甚至来自远方，无不虚心向孔子求教。
鲁定公八年（前502），公山不狃在季桓子手下感到不如意，就利用阳虎作乱，打算废掉季孙氏、孟孙氏、叔孙氏三家的嫡生嗣子，另立平日为阳虎所喜欢的庶子，于是就把季桓子抓了起来。桓子用计骗子他，才得以逃脱出来。鲁定公九年（前501），阳虎作乱失败，逃奔到了齐国。这时，孔子五十岁。
公山不狃凭借费城反叛季氏，他派人来召请孔子去帮忙。孔子探索所依循的治国之道已经很久了，但抑郁不得志，无处可以施展，没有人能任用自己，就说：“当初周文王、周武王兴起于丰、镐而建立了王业，现在费城虽然小，该也差不多吧！”想要应召前去，子路不高兴，阻止孔子。孔子说：“他们请我去，难道会让我白白跑一趟吗？如果重用了我，我将在东方建立一个像周那样的王朝！”然而最终也没能成行。
以后鲁定公任命孔子做了中都长官，一年后，各地都效法他的治理办法。孔子便由中都长官提升为司空，又由司空提升为大司寇。
鲁定公十年（前500）的春天，鲁国与齐国和解。到了夏天，齐国大夫黎对景公说：“鲁国起用了孔丘，势必危及齐国”。于是齐景公就派使者告诉鲁国，说要与鲁定公行友好会晤，约定会晤的地点在夹谷。鲁定公准备好车辆随从，毫无戒备地前去赴约。孔子以大司寇的身份，兼办会晤典礼事宜，他对定公说：“我听说办理外交必须要有武装准备，办理武事也必须有外交配合。从前侯出了自己的疆界，一定要带齐必要的官员随从。请求您安排左、右司马一起去。”定公说：“好的。”就带了左、右司马一道去。定公在夹谷与齐侯相会。在那里修筑了盟坛，坛上备好席位，设置了三级登坛的台阶，用国君相遇的简略节相见，拱手揖让登坛。彼此馈赠应酬的仪式行过之后，齐国管事的官员快步上前请示说：“请开始演奏四方各族的舞乐”。齐景公说：“好的。”于是齐国的乐队以旌旗为先导，有的头戴羽冠，射披皮衣，有的手执矛、戟、剑、楯等武器也跟着上台了，喧闹着一涌而上。孔子见状赶忙跑过来，一步一阶快步登台，还差一级台阶时，便扬起衣袖一挥，说道：“我们两国国君为和好而来相会，为什么在这里演奏夷狄的舞乐，请命令管事官员叫他们下去！”主管官员叫乐队退下，他们却不肯动，左右看看婴与齐景公的眼色。齐景公心里很惭愧，挥手叫乐队退下去。过了一会儿，齐国的管事官员又跑来说道：“请演奏宫中的乐曲”。景公说：“好的。”于是一些歌舞杂技艺人和身材矮小的侏儒都前来表演了。孔子看了又急跑过来。一步一阶往台上走，最后一阶还没有迈上就说：“普通人敢来胡闹迷惑诸侯，论罪当杀！请命令主事官员去执行！”于是主事官员依法将他们处以腰斩，叫他们来个手足异处。齐景公大为恐惧，深深触动，知道自己道理上不如他，回国之后很是慌恐，告诉他的大臣们说：“鲁国是用君子的道理来辅佐他们的国君，而你们却仅拿夷狄的办法教我，使我得罪了鲁国国君，这该怎办呢？”主管官员上前回答说：“君子有了过错，就用实际行动来向人家道歉认错；小人有了过错，就用花言巧语来谢罪。您如果痛心，就用具体行动来表示道歉吧。”于是齐景公就退还了从前所侵夺的鲁国郓、汶阳、龟阴的土地，以此来向鲁国道歉并悔过。
鲁定公十三年（前497）的夏天，孔子对定公说：“臣下的家中不能收藏武器，大夫的封邑不能筑起高一丈长三百丈的城墙。”于是就派仲由去当季氏的管家，打算拆毁季孙、孟孙、叔孙三家封邑的城墙。这时，叔孙氏首先把郈邑的城墙拆了。季孙氏也准备拆费邑的城墙，公山不狃和叔孙辄就带领费邑的人袭击鲁国。鲁定公和季孙、孟孙、叔孙三人就躲进了季孙的住宅，登上了季孙武子的高坛。公山不狃率领的费邑人进攻他们，没有能打进去，但有的人已经突入鲁定公所登高坛的近侧。孔子命令申句须、乐颀下台来攻打他们，费邑人失败逃走，鲁国人乘胜追击，在姑蔑把他们彻底击溃。公山不狃、叔孙辄两人逃到了齐国，费邑的城墙终于被拆毁了。接着准备拆成城，孟孙氏的家臣公敛处父告诉孟孙说：“拆除了成邑的城墙，齐国人必将进逼到我们的北大门。且成城又是你们孟氏的屏障，没有成城也就等于没有孟氏。我不打算拆毁”。十二月，鲁定公率兵包围了成城，没有攻下来。
鲁定公十四年（前496），孔子五十六岁，他由大司寇理国相职务，脸上露出喜悦神色。他的弟子说：“听说郡子大祸临头不恐惧，大福到来也不喜形于色”。孔子说：“有这句话，但不是还有一句‘乐在身居高位而礼贤下士’的话吗？”于是就把扰乱国政的大夫少正卯杀了。孔子参预国政三个月，贩卖猪、羊的商人就不敢漫天要价了；男女行人都分开走路；掉在路上的东西也没人捡走；各地的旅客来到鲁国的城邑，用不着向官员们求情送礼，都能得到满意的照顾，好像回到了家中一样。
齐国听到了这个消息就害怕了起来，说：“孔子在鲁国执政下去，一定会称霸，一旦鲁国称霸，我们靠它最近，必然会首先来吞并我们。何不先送一些土地给他们呢？”黎说：“我们先试着阻止他们一下，如果不成，再送给他们土地，这难道还算迟吗！”于是就从齐国挑选了八十个美貌女子，都穿上华丽的衣服，教她他学会跳《康乐》的舞蹈，身上有花纹的马一百二十匹，一起送给鲁君。先把女乐和纹马彩车安置在鲁城南面的高门外。季桓子身着便服前往观看再三，打算接受下来，就告诉鲁君以外出到各地周游视察为名，乘机整天到南门观齐国的美女和骏马，连国家的政事也懒得去管理了，子路看到这种情形便对孔子说：“老师，我们可以离开这里了吧。”孔子说：“鲁国现在就要在郊外祭祀，如果能按照法把典礼后的烤肉分给大夫们，那么我还可以留下不走”。季桓子终于接了齐国送来的女子乐团，一连三天不过问政务；在郊外祭祀束后，又违背常礼，没把烤肉分给大夫们。孔子于是离开了鲁国，当天就在屯地住宿过夜。鲁国一个名叫师己的乐师来为他送行，说道：“先生您是没有过错的。”孔子说：“我唱一首歌，好不好？”于是唱道：“那些妇人的口，可以把大臣和亲信撵走；接近那些妇女，可以使人败事亡身。悠闲啊悠闲，我只有这样安度岁月！”师己返回后，桓子问他说：“孔子说了些什么？”师己如实相告。桓子长叹一声，说“先生是怪罪我们接受了齐国那一群女乐的缘故啊！”
孔子于是到了卫国，寄住在子路妻子的兄长颜浊邹家中。卫灵公问孔子：“你在鲁国得到的俸禄是多少？”孔子回答说：“俸米六万斗。”卫国也照样给了他俸米六万斗。过了不多久，有人向卫灵公说了孔子的坏话，卫灵公就派公孙余假用兵仗监视孔子的出入。孔子害怕在这里获罪，居住了十个月，就离开了卫国。
孔子将要到陈国去，经过一个叫匡的地方，弟子颜刻替他赶车，颜刻用马鞭子指着说：“从前我进入过这个城，就是由那缺口进去的”。匡人听说，误以为是鲁国的阳虎来了，阳虎曾经残害过匡人，于是匡人就围困了孔子。孔子的模样很像阳虎，所以被困在那里整整五天。颜渊后来赶到，孔子说：“我还以为你死了。”颜渊说：“老师您活着，我怎么敢死！”匡人围攻孔子越来越急，弟子们都很害怕。孔子说：“周文王已经死去，周代的礼乐制度不就在我们这里吗？上天如果要毁灭这些礼乐制度的话，就不会让我们这些后死的人承提起维护它的责任。上天并没有要消灭周代的这些礼乐，匡人又能把我怎么样呢！”孔子派子一个跟从他的人到宁武子那里称臣，然后才得以离开匡地。
孔子离开匡地之后就到了一个叫蒲的地方，过了一多月，又返回了卫国，寄住在蘧伯玉家。卫灵公有个叫南子的夫人，派人对孔子说：“各国的君子，凡是看得起我们国君，愿意与我们国君建立像兄弟一样交情的，必定会来见见我们南子夫人的，我们南子夫人也愿意见见您”。孔子开始还推辞谢绝一番，最后不得已才去见她。南子夫人坐在葛布做的帷帐中等待。孔子进门后，面朝北叩头行礼。南子夫人在帷帐中拜了两拜，她披戴的环佩玉器首饰发出了叮当撞击的清声响。事后孔子说：“我来就不愿见她，现在既然不得已见了，就得还她以礼。”子路不高兴。孔子发誓说：“我假若不对的话，上天一定厌弃我！上天一定厌弃我！”在卫国住了一个多月，灵公与夫人南同坐了一辆车子，宦官雍渠陪待车右，出宫后，让孔子坐在第二辆车子上跟从，大摇大摆地从市上走过。孔子说：“我没有见过喜好道德像这样喜欢美色的人啊。”于是对卫灵公的所作所为感到厌恶，就离开卫国，往曹国去了。这一年，鲁定公死了。
孔子离开曹国到达宋国，与弟子们在大树下演习礼仪。宋国的司马桓魋想杀死孔子，就把树砍掉了。孔子只得离开这个地方。弟子们催促说：“我们可以快点走了。”孔子说：“上天既然把传道德的使命赋予我，桓魋他又能把我怎么样！”
孔子到了郑国，与弟子们走失散了，孔子一个人站在外城的东门。郑国人有看见了就对子贡说：“东门有个人，他的额头像唐尧，脖子像皋陶，肩膀像郑子产，可是从腰部以下比禹短了三寸，一副狼狈不堪、没精打采的样子，真像一条丧家狗。”子贡见面把原话如实地告诉了孔子。孔子高兴地说道：“他形容我的相貌，不一定对，但说我像条丧家狗，对极了！对极了。”
孔子于是到达陈国，寄住在司城贞子家里。过了一年多，吴王夫差来攻打陈国，夺取了三个城邑才退兵。赵鞅攻打朝歌。楚国包围了蔡国，蔡国迁移到吴地。吴国在会稽打败了越王勾践。
有一天，许多只隼（ｓǔｎ，损）落在陈国的宫廷中死了，有隼（ｈù,户）木做的箭穿在身上，箭头是石头制做的，箭长一尺八寸。陈湣公派使者向孔子请教，孔子说：“这些隼是从很远的地方飞来的，这是肃慎部族的箭。从前周武王伐纣灭商，沟通了与各少数民族的民族的联系，让九夷百蛮各族都贡献各自的地方特产，叫他们不能忘记自己的职责和义务。于是肃慎部族献来楛木做的箭和石头制作的箭头，长一尺八寸。周武王为了显示他的美德，就把肃慎部族的箭分给长女太姬，后来太姬嫁给了虞胡公，虞胡公又封在陈国。当初王室分珍宝玉器给同姓诸侯，是为了表示重视亲族；把远方的贡品分赠给姓诸侯，是为了表示重视亲族；把远方的贡品分赠给姓诸侯，是为了让他们不要忘服从周王朝。所以把肃慎部族的箭分给陈国。”陈湣公听了叫人到过去收藏各方贡物的仓库中去找一找，果然找到了这种箭。
孔子在陈国居住了三年，正好遇上晋国、楚国争霸，两国轮番攻打陈国，直到吴国攻打陈国为止，陈国常常遭受侵犯。孔子说：“回去吧，回去吧！我家乡的那些弟子，志气很大，只是行事阔一些，他们都很有进取心，也没有忘记自己的初衷。”于是孔子就离开了陈国。
孔子路过一个叫蒲的地方，正好遇上公叔氏据蒲反叛卫国，蒲人扣留了孔子。弟子中有个叫公良孺的，自己带了五辆车子跟随孔子周游各地。他这个人身材高大，有才德，且有勇力，对孔子说：“我从前跟随老师周游在匡地遇到危难，如今又在这里遇到危难，这是命里注定的吧。我和老师一再遭难，可搏斗而死。”公良孺跟蒲人打得很激烈，蒲人害怕了，对孔子说：“如果你不到卫国去，我就放你们走。”孔子与他们订立了盟约，这才放孔子他们从东门出去。孔子于是到了卫国。子贡说：“盟约可以违背吗？”孔子说：“在要挟下订立的盟约，神是不会认可的。”
卫灵公听说孔子到来，很高兴，亲自赶到郊外迎接。灵公问孔子说：“蒲这个地方可以讨伐吗？”孔子回答说：“可以。”灵公说：“我的大夫却认为不可以讨伐，因为现在的蒲是防御晋，楚的屏障，用我们卫国的军队去攻打，恐怕是不可以的吧？”孔子说：“蒲地的男子有誓死效忠卫国的决心，妇女有守卫西河这块地方的愿望。我所说要讨伐的，只是四、五个领头叛乱的人罢了。”卫灵公说：“很好。”但是没有出兵去讨伐的叛乱。
卫灵公年纪老了，懒得处理政务，也不起用孔子。孔子长叹了一声说：“如果有人起用我，一年时间就差不多了，三年就会在大见成效。”孔子只好离开。
佛肸（ｘī，西)做中牟的长官。晋国的赵简子攻打范氏、中行氏，讨伐中牟。佛肸就占据中牟，反叛赵简子，并派人招请孔子孔子打算去。子路说：“我听老师说过：‘亲自做坏事的人那里，君子是不去的’。现在佛肸自己占据中牟反叛，您想前去，这是为什么呢？”孔子说：“我是说过这句话。但我不也说过，坚硬的东西是磨不薄的；不也说过洁白的东西，是染不黑的。我难道是只中看不能吃的匏瓜吗，怎么可以老是挂着却不给人吃呢？”
有一次孔子正敲着磬，有个背着草筐的人路过门口，说道：“有心思啊，这个击磬人，磬敲得又响又急，既然人家不赏识自己，那就算了吧！”
孔子向师襄子学习弹琴，一连学了十天，也没增学新曲子。师襄子说：“可以学些新曲了。”孔子说：“我已经熟习乐曲了，但还没有熟练地掌握弹琴的技法。”过了些时候，师襄子又说：“你已熟习弹琴的技法了，可以学些新曲子了。”孔子说：“我还没有领会乐曲的感意蕴，可以学些新曲了。”孔子说：“我还没有体会出作曲者是怎样的一个人。”过了些时候，孔子肃穆沉静，深思着什么，接着又心旷神怡，显出志向远大的样子。说：“我体会出作曲者是个什么样的人了，他的肤色黝黑，身材高大，目光明亮而深邃，好像一个统治四方侯的王者，除了周文王又有谁能够如此呢！”师襄子恭敬地离开位给孔子拜了两拜，说：“我老师原来说过，这是《文王操》呀”。
孔子既然得不到卫国的重用，打算西游去见赵简子。到了黄河边，听到窦鸣犊、舜华被杀的消息。就面对着黄河感慨地叹气说：“壮美啊黄河水，浩浩荡荡多么盛大，我所以不能渡过黄河，也是命运的安排吧！”子贡赶上前去问：“冒 昧地请问老师，这话是什么意思？”孔子说：“窦鸣犊、舜华两个人，都是晋国有才德的大夫。当赵简子还没有得志的时候，是依靠这两个人才得以从政的；等到他得志了，却杀了他们来执掌政权。我听说过，一个地方剖腹取胎杀害幼兽，麒麟就不来到它的郊野，排干了池塘水抓鱼，那么龙就不调合阴阳来兴致雨了，倾覆鸟巢毁坏鸟卵，凤凰就不愿来这里飞翔。这是为什么呢？君子忌讳伤害他的同类。那些鸟兽对于不义的行为尚且知道避开，何况是我孔丘呢！”于是便回到老家陬乡休息，创作了《陬操》的琴曲来哀掉窦鸣犊、舜华两们贤人。随后又回到卫国，寄住在蘧伯玉家。
有一天，卫灵公向孔子问起军队列阵作战的事。孔子回答说：“祭祀的事我倒曾经听说过，排兵布阵的事，我还不曾学过呢。”第二天，卫灵公与孔子谈话的时候，看见空中飞来大雁，就只顾抬头仰望，神色不在孔了身上。孔子于是就离开了卫国，再往陈国。
这年夏天，卫灵公死了，他的孙子辄立为国君，这就是卫出公。六月间，赵鞅把流亡在外的姨灵公太子蒯聩接纳到戚地。阳虎让太子蒯聩穿上孝服，又让八个人空麻带孝，装扮成是从卫国来接太子回去奔丧的样子，器着进了戚城，就在那里住了下来。冬天，蔡国迁都到州来。这一年是鲁哀公三年，孔子已六十岁了。齐国帮助卫国包围了戚城，是因为卫太子蒯聩在那儿的缘故。
还是这一年夏天，鲁桓公、釐公的庙堂起火烧了起来。南宫敬叔去救火。孔子在陈国听到了这个消息，就说：“火灾一定在桓公、釐公的庙堂吧？”不久证实，果然如他所言。
这年秋天，季桓子病重乘着辇车望见鲁城，感慨地长叹一声说：“从前这个国家几乎兴旺了，因为我得罪了孔子，所以没有兴旺起来。”回头又对他的嗣子季康子说：“我要是死了，你一定会接掌鲁国的政权佐国君；你佐国君之后，一定要召回孔子。”过了几天，季桓子死了，季康子继承了他的职位。丧事办完之后，想如回了孔子。大夫公之鱼说：“从前我们的国鲁定公曾经任用过他，没能有始有终，最后被诸侯耻笑。现在你再任用他，如果也不能善终，这会再次招来诸侯的耻笑。”季康子说：“那么召谁才好呢？”公之鱼说：“一定要召冉求。”于是就派人召回了冉求。冉求准备起身前往，孔子说：“这次鲁国召冉求回去，不会小用，该会重用他。”就在这一天，孔子说：“回去吧，回去吧！我家乡的那些弟子志向高远而行事疏阔，为文富有文采，我真不知从何下手来教育他们才好。”子贡知道孔子思念家乡想回去，在送冉求时，叮嘱过他“你要是被重用了，要想着把老师请回去”之类的话。
冉求离去之后，第二年，孔子从陈国移居蔡国。蔡昭公准备到吴国去，是吴国召他去的。从前昭公欺骗他的大臣，把国都迁到了州来，这次将要前往，大夫们提心他又要迁都，公孙翩就在路上把蔡昭公射死了。接着，楚军就来侵犯蔡国。同年秋天，齐景公死了。
第二年，孔子从蔡国前往叶地。叶公问孔子为政的道理，孔子说：“为政的道理在于招纳远方的贤能，使近处的人归服”。有一天。叶公向子路问孔子的情况，子路不回答。孔子听说这件事后就对子路说：“仲由，你为什么不对他说：‘他这个人呀，学习起道理来不知疲倦，教导人全不厌烦，发愤学习时忘记了吃饭，快乐时忘记了忧愁，以致于连衰老就将到来也不知道’。”
孔子离开楚国的叶地回到蔡国。在路上遇见长沮、桀溺两人并肩耕田，孔子以为他们是隐士，就叫子路前去打听渡口在什么地方。长沮说：“那个拉着马缰强的人是谁？”子路回答说：“是孔丘。”长沮又问：“是鲁国的孔丘吧？”子路说：“是的。”长沮说：“那他应该知道渡口在哪儿了。”桀溺又问子路：“你是谁？”子路说：“我是仲由。”桀溺说：“你是孔丘的门徒吗？”子路说：“是的。”桀溺说：“天下到处都在动荡不安，而谁能改变这种现状呢？况且你与跟着那逃避暴乱臣的人四处奔走，还不如跟着我们这些躲避乱世的人呢？”说完，就继续不停地耕田。子路把此话告诉了孔子，孔子失望地说：“我们不能居住在山林里与鸟兽同群，要是天下太平，我也用不着到处奔走想改变这个局面了”。
有一天，子路一个人行走的时候，路遇一位肩扛除草工具的老人。子路问他：“您看见过我的老师吗？”老人说：“你们这些人四肢不勤劳，五谷分辨不清，谁是你的老师我怎么会知道？”说完就拄着拐杖拔草去了。事后子路把这些经过告诉了孔子，孔子说：“这是位隐士。”叫子路再到那里看看，老人已经走了。
孔子迁居到蔡国三年，吴国攻打陈国。楚国救援陈国，军队驻扎在城父。听说孔子住在陈国和蔡国的边境上，楚国便派人去聘请孔子。孔子正要前往拜见接受聘礼，陈国、蔡国的大夫商议说：“孔子是位有才德的贤人，他所指责讽刺的都切中诸侯的弊病。如今长久地停留在我们陈国和蔡国之间，大夫们的施政施、所做所为都不合仲尼的意思。如今的楚国，是个大国，却来聘请孔子。如果孔子在楚国被重用，那么我们陈蔡两国掌权的大夫们就危险了。”于是他们双方就派了一些服劳役的人把孔子围困在野外。孔子和他的弟子无法行动，粮食也断绝了。跟从的弟子饿病了，站都站不起来。孔子却还在不停地给大家讲学，朗诵诗歌、歌唱、弹琴。子路很生气地来见孔子：“君子也有困究的时候吗？”孔子说：“君子在困窘面前能坚节操不动摇，人小遇到困窘就会不加节制，什么过火的事情都做得出来。”
这时子贡的脸色也变了。孔子说：“赐啊，你认为我是博学强记的人吗？”子贡回答说：“是的。难道不对吗？”孔子说：“不是的。我是用一种基本原则贯穿于全部知识之中的。”
孔子知道弟子们心中不高兴。便叫来子路问道：“《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却排徊在旷野上’，难道是我们学说有什么不对吗？我们为什么会落到这种地步呢？”子路说：“大概是我们的德还不够吧？所以人家不信任我们；想必是我们的智谋还不够吧？所以人家不放我们通行。”孔子说：“有这样的话吗？仲由啊，假使有仁德的人必定能使人信任，哪里还会有伯夷、叔齐饿死在首阳山呢？假使有智谋的人就能早行无阻，哪里会有王子比干被剖心呢？”
子路退出，子贡进来见孔子。孔子对子贡说：“赐啊，《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的学说有有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？“子贡说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。老师何不稍微降低一些您的要求呢？”孔子说：“赐啊，好的农夫虽然善于耕种，但他却不一定有好的收获；好的工匠虽然不精巧的手艺，但他的所作却未必能使人们都称心如意。有修养的人能研修自己的学说，就像网一样，先构出基本的大纳统绪，然后再依疏理扎，但不一定被世人所接受。现在你不去研修自己的学说，反而想降格来敬合取容。赐啊，你的志向太不远大了。”
子贡出去之后，颜回进来见孔子。孔子说：“回啊，《诗经》说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的说学有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？”颜回说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。虽然是这样，老师还是要推行自己的学说，不被天下接受又有什么关系呢？不被接受，这样才能出君子的色！一个人不研修自己的学说，那才是自己的耻辱。至于已下大力研修的学说不被人所用，那是当权者的耻辱了。不被天下接又有什么关系呢？不被接受，这样才能显出君子的本色！”孔子听了欣慰地笑着说：“是这样的啊，姓颜的小伙子！假使你有很多钱财，我愿意给你做管家。”
于是派子贡到楚国去。楚昭王调动军队来迎接孔子，这才除了这场灾祸。
楚昭王想把有户籍登记的七百里地方封给孔子。楚国的令尹子西阻止说：“大王派往各侯国的使臣，有像子贡这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的左右辅佐大臣，有像颜回这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的将帅，有像子路这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西还问：“大王的各部主事官员，有像宰予这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西接着说：“况且我们楚国的祖先在受周天子分封时，封号是子爵，土地跟男爵相等，方圆五十里。现在孔丘讲述三皇五帝的治国方法，申明周公旦、召公奭辅佐周天子的事业，大王如果任用了他，那么楚国还能世世代代保有方圆几千里的土地吗？想当年文王在丰邑、武王在镐京，作为只有百里之地的主，最终能统治天下。现在如让孔丘拥有那七百城土地，再加上那些有才能的弟子辅佐，这不是楚国的福音啊。“昭王听了就打消了原来的想法。这年秋天，楚昭死在城父。
楚国的狂人接舆有一天唱着歌走过孔子的车子，说：“凤凰呀，凤凰呀，你的美德为什么这么不景气？过去的不能再挽回，未来的还可以再赶得上，算了吧，算了吧！现在从政的人都是很危险的啊！”孔子下了车，想和他谈谈，但他却快步走开了，没能跟他说上话。
于是孔子从楚国返回了卫国。这一年，孔子六十三岁，是鲁哀公六年（前489）。
第二年，吴国和鲁国在一个叫缯的地方会盟，吴国要求鲁国提供百牢的祭品。吴国的太宰嚭（ｐǐ,匹）召见季康子。季康子就派子贡前往交涉，然后鲁国才纳百牢祭品。
孔子说：“鲁国、卫国的政治情况，如同兄弟一般相似。”这个时候，卫出公辄的父亲蒯聩没有继位做国君，流亡在外，诸侯对此事屡加指责。而孔子的弟子很多在卫国做官，卫出公辄也想请孔子出来执政。子路问孔子说：“卫国国想请您出来执政，您打算首先做什么呢？”孔子回答说：“那我一定首先正名分！”子路说：“有这样的事吗，老师您太迂阔了！为什么要首先正名份呢？”孔子说：“鲁莽啊，仲田！要知道，名分不正，说出的话来就不顺当；说话不顺当，那么事情就办不成；辐情办不成，那么礼乐教化就不能兴盛；乐教化不兴盛，那么刑罚不准确适度，那么老百姓就年足无措，不知怎么办才好。所以君子办事必须符合名分，说出来的话，一定要切实可行。君子对于他所说出来的话，应该毫不苟且随便才行啊。”
第二年（前484），冉有为季氏统率军队，在郎地同齐国作战，打败了齐国的军队。季康子对冉求说：“您的军事才能，是学来的呢？还是天生的呢？”冉有回答说：“我是从孔子那里学来的。”季康子又问：“孔子是怎样的一个人呢？”冉有回答说：“任用他要符合名分，他的学说不论是传布到百姓中，还是对质于鬼神前，都是没有遗憾的。我对于军事，虽然有功而累计封到二千五百户人家，而孔子却会毫不动心的。”康子说：“我想召请他回来，可以吗？”冉有说：“你想召请他回来，只要不让小人从中阻碍他，就可以了。”当时，卫国大夫孔文子准备攻打太叔，向孔子问计策。孔子推辞说不知道，他回到住处便立即吩咐备车离开了卫国，说道：“鸟能选择树木栖息，树木怎能选择鸟呢？”孔文子坚决拘留他。恰好季康子派来公华、公宾、公林，带着礼物迎接迎孔子，孔子就回鲁国去了。
孔子离开鲁国一共经过十四年又回到鲁国。
鲁哀公向孔子问为政的道理，孔子回答说：“为政最重要的是选择好大臣。”季康子也向孔子问为政的道理，孔子说：“要举用正直的人，抛弃邪曲的人，那样就使邪曲的人变为正直的人了。”季康子忧虚盗窃，孔子说：“如果你自己没有欲的话，就是给奖赏，人们也是不会去偷窃的。”但是鲁国最终也不能重用孔子，孔子也不要求出来做官。
孔子的时代，周王衰微，礼崩乐坏，《诗》、《书》也殊缺不全了。孔子探究夏、商、西周三代的礼仪制度，编定了《书传》的篇次，上起唐尧、虞舜之时，下至秦穆公，依照事情的先后，加以整理编排。孔子说：“夏代的礼仪制度我还能讲出来，只是夏的后代杞国没有留下足够证明这些的文献了。殷商的礼仪制度我也能讲出来，只是殷商的后宋国没有留下足够证明这些制度的文献了。如果杞、宋两国有足够的文献，我就能证明这些制度了。”孔子考察了殷代继承夏代对礼仪制度所作的增减之后说：“将来即使经过一百，那增减的也是可以预知的，因为一种是重视文采，另一种是重视朴实。周代的礼仪制度是在参照了夏代和殷代的基础上制定的，多么丰富多采呀，我主张用周代的礼仪”所以《书传》、《礼记》都是孔子编定的。
孔子曾对鲁国的乐官太师说：“音乐是可以通晓的。刚开始演奏的时候要互相配合一致，继续下去是节奏和谐，声音清晰，连续不断，这样直到整首乐曲演奏完成。”孔子又说：“我从卫国返回鲁国之后，就开始订正诗乐，使《雅》、《颂》都恢复了原来的曲调。”
古代留传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时，他把重复的删掉了，选 取中合于义的用于礼义教化，最早的是追述殷始祖契、周始祖后稷，其次是叙述殷、周两代的兴盛，直到周幽王、周厉王的政治缺失，而开头的则是叙述男女夫妇关系和感情的诗篇，所以说：“《关睢》这一乐章作为《国风》的第一篇，《鹿鸣》作为《小雅》的第一篇；《文王》作为《大雅》的第一篇；《清庙》作为《颂》的第一篇”。三百零五篇诗孔子都能将演奏歌唱，以求合于《韶》、《武》、《雅》《颂》这些乐曲的音调。先王的乐制度从此才恢复旧观而得以称述，王道 完备了，孔子也完成了被称为“六艺”的《诗》、《书》、《乐》、《易》、《春秋》的编修。
孔子晚年喜欢钻研《周易》，他详细解释了《彖辞》、《锡辞》、《卦》、《文言》等。孔子读《周易》刻苦勤奋，以致把编穿书简的牛皮绳子也弄断了多次。他还说：“再让我多活几年，这样的话，我对《周易》的文辞和义理就能够充分掌握理解了。”
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》作教材教育弟子，就学的弟子大约在三千人，中能精通礼、乐、射、御、数、术这六种技艺的有七十二人。至于像颜浊邹那样的人，多方面受到孔子的教诲却没有正式入籍的弟子就更多了。
孔子教育弟子有四个方面：学问、言行、忠恕、信义。为弟子订四条禁律：不揣测、不武断、不固执、不自以为是。他认为应当特别谨慎处理的是：斋戒、战争、疾病。孔子很少谈到利，如果谈到，就与命运、仁德联系起来。他教育弟子的时候，不到人家真正遇到困难，烦闷发急的时候，不去启发开导他。他出一个道理，弟子不能触类旁通地推演出似的道理，他就不再重复讲述了。
孔子在自己的乡里，谦恭得像个不善言谈的人。他在宗庙祭祀和朝廷议政这些场合，却能言善辩，言辞明晰而又通达，然而又很恭谨小心。上朝时，与上大夫交谈，态度和悦，中正自然；与下大夫交谈，就显得和乐安详了了。
孔子进入国君的公门，低头弯腰，恭敬谨慎，进门后急行而前，恭有礼。国命他迎接宾客，容色庄重认真。国君召见他，不等待车驾备好，就动身起行。
鱼不新鲜，肉有变味，或不按规矩切割，孔子不吃。席位不正，不就坐。在有丧事的人旁边吃饭，从来没有吃饱过。
在一天内哭泣过，就不会再歌唱。看见穿孝服的人和盲人，即使是是个小孩，也必定改变面容以示同情。
孔子说：“三个人同行，中心有可做我老师的。”又说：“不去修明道德，不去探求学业，听到正直的道理又不前往学习，对缺点错误又不能改正，这些是我是忧虑提心的问题。”孔子请人唱歌，要是唱得好，就请人再唱一遍，然后自己也和唱起来。
孔子不谈论怪异、暴力、鬼神的事情。
子贡说：“老师在文献方面的成绩很显著，我们是知道的。老师讲论有关天道与人的命运的深微见解我们就不知道了。”颜渊感慨地长叹一声说：“我越是仰慕老师的学问，越得它无比崇高，越是钻研探讨，越觉得它坚实深厚。看见它是在前面，忽然间又在后面了。老师善于循序渐进地诱导人，用典籍来丰富我的知识，用礼仪来规范我的言行，使我想停止学习都不可能。已经竭尽了我的才力，我现在也好像有所建树，但老师的学问却依然高立在我的面前。虽然我也想追赶上去，但是不可能追得上。”达巷这个地方的人对我说：“伟大啊孔子，他博学多才却不专一名家。”孔子听了这话之后说：“我要专于什么呢？是专于驾车？还是专于射箭？我看还是专于驾车吧。”子牢说：“老师曾说：‘我没有被世所用，所以才学会了这许多的技艺’。”
鲁哀公十四年（前481）的春天，在大野这个地方狩猎。给叔孙氏驾车的商猎获了一头怪兽，他们以为这是不祥之兆。孔子看了后说：“这是麒麟。”于是便将它取走了。孔子说：“黄河上再不见神龙负图出现，洛水上再不见神龟负洛书出现，我也就快要完啦！”渊死了，孔子说：“这是老天要我死呀！”等到他西去大野狩猎见到麒麟，说：“我的主张到尽头了！”感慨地说：“没有人能了解我了！”子贡说：“为什么说没有人了解您？”孔子回答说：“我不抱怨天，也不怪罪人，下学人事，上通天理，能了解我的，只有上天了吧！”
孔子说：“不降低自己的志向，不使自己的人格受到侮辱，只有伯夷、叔齐丙人吧！”又说：“柳下惠、少连降低了自己的志向，使人格受到了侮辱”。又说“虞仲、夷逸隐居，不言世务，行为合干清高纯洁，自我废弃合于权变“。又说：”我就跟他们不同了，既不降志辱身以求进取，也不隐居避世脱离尘俗，没有绝对的可以，也没有绝对的不可以”。
孔子说：“不成啊，不成啊！君子最提忧的就是死后没有留下好的名声。我的主张不能实行，我用什么贡献给社会留下好名呢？”于是就根据鲁国的史书作了《春秋》，上起鲁隐公元年（前722），下止鲁哀公十四年（前481），共包 括鲁国十二个国君。以鲁国为中心记述，尊奉周王室为正统，以殷商的旧为借鉴，推而上承夏、商、周在法统，文辞简约而旨意广博。所以吴、楚的国自称为王的，在《春秋》中仍贬称为子爵；晋文公在践土与诸侯会盟，实际上是召周襄王入会的，而《春秋》中却避讳说“周天子巡狩来到到河阳”。依此类推，《春秋》就是用这一原则，来褒贬当时的各种事件，后有的国君加以称推广开来，使《春秋》的义法在天下通行，天下那些乱臣奸贼就都害怕起来了。
孔子任司寇审理诉讼案件时，文辞上有可与别人商的时候，他从不独自决断。到了写《春秋》时就不同了，应该写的一定写上去，应当删的一定删掉，就连子夏这些长于文字的弟子，一句话也不能给他增删。弟子们学习《春秋》， 孔子说：“后人了解我将因为《春秋》，后人怪罪我也将因为《春秋》。”
第二天，子路死在卫国。孔子生病了，子贡请求看望他。孔子正拄着拐杖在口修闲散步，说：“赐，你为什么来得这样迟啊？”孔子于是就叹息，随即唱道：“泰山要倒了！梁柱要断了，哲人要死了！”他边唱边流下了眼泪。对子贡说：“天下失去常道已经很久了，没有人能奉我的主张。夏人死了停棺在东厢的台阶，周人死了停棺在西厢的台阶，殷人死了停棺在堂屋的两柱之间。昨天晚上我梦见自己坐在两柱之间受人祭奠，我原本就是殷商人啊。”过了七天孔子就死了。
孔子享年七十三岁，死在鲁哀公十六年（前479）四月的己丑日。
鲁哀公为他作了一篇悼词说：“老天爷不仁慈，不肯留下这位老人，使他扔下我，孤零零一人在位，我孤独而又伤痛。啊！多么痛！尼父啊，没有人可以作为我学习的楷模了！”子贡说：“鲁君他难道不能终老在鲁国吗？老师的话说：‘法丧失就会昏乱，名分丧失就会产生过失。丧失了意志就会昏乱，失去所宜就会出现过错。’老师活着的时候不能用他，死了作祭文哀悼他，这是不合礼的。以诸侯身份称‘余一人’，是不合名分的啊。”
孔子死后葬在鲁城北面的泗水岸边，弟子们都在心里为他服丧三年。三年心丧完毕，大家道别离去时，都相对而哭，又各尽哀；有的就又留了下来。只有子贡在墓旁搭子一间小房住下，守墓总共六年，然后才离去。弟子及鲁国他人，相率前往墓旁居住的一百多家。因而就把这里命名为“孔里”。鲁国世世代代相传，每年都定时到孔子墓前祭拜，而儒生们也在这时来这里讲习礼仪，行乡学业考校的饮酒礼，以及比射等仪式。孔子的墓地有一顷大。孔子故居的堂屋以及弟子们所居住的内室，后来就改成庙，借以收藏孔子生前穿过的衣服，戴过的帽子，使用过的琴、车子、书籍等，直到汉代，二百多年间没有废弃。高皇帝高皇帝刘邦经过鲁地，用牛羊猪三牲俱全的太牢祭祀孔子。诸侯、卿大夫、宰相一到任，常是先去拜谒孔子墓，然后才去就职处理政务。
孔子生了鲤，字伯鱼。伯鱼享年五十岁，死在孔子之前。
伯鱼生了伋，字子思，郭年六十二岁。曾经受困于宋国。子思作了《中庸》。
子思生了白，字子上，享年四十七岁。子上生了求，字子家，享年四十五岁。子家生了箕，字子京，享年四十六岁。子京生了穿，字子高，享年五十一岁。子高生了慎，享年五十七岁，曾经做过魏国的相。
子慎生了鲋，享年五十七岁，做过陈胜王的博士，死在陈这个地方。
鲋的弟弟叫子襄，享年五十七岁。曾经做过汉孝惠皇帝的博士，后被提升为长沙郡的太守。身高九尺六寸。
子襄生了忠，享年五十七岁。忠生了武，武生了延年和安国。安国做了当今孝武皇帝的博士，官至临淮郡太守，寿短早死。安国生了卬，卬了生。
太史公说：《诗》中有这样的话：“像高山一般令人瞻仰，像大道一般让人遵循。”虽然我不能达到这种境地，但是心里却向往着他。我读孔子的著作，可以想见到他的为人。到了鲁地，参观了孔子的庙堂、车辆、衣服、礼器，目睹了读书的学生们按时到孔子旧宅中演习礼仪的情景。我怀着崇敬的心情徘徊留恋不愿离去。自古以来，天下的君王直到贤人也够多的了，当活着的时候都显贵荣耀，可是一死什么也就没有了。孔子是一个平民，他的名声和学说已经传了十几，读书的人仍然崇他为宗师。从天子王侯一直到全国谈六艺的人，都把孔子的学说来做为判断衡的最高准则，可以说孔子是至高无上的圣人了。