吴锡麒天姿超迈，吟咏至老不倦，能诗，尤工倚声，诗笔清淡秀丽，古体有时藻采丰赡，代表作如《双忠祠》、《凤凰山怀古》、《观夜潮》、《读放翁集》等。在浙派诗人中，能继朱（彝尊）、杭（世骏）、厉（鹗）之后，自成一家。亦能词，但不如其诗和骈体文的著名。吴锡麒骈文颇著称，吴鼒称赞说：“不矜奇，不恃博，词必泽于经史，体必准乎古初，……合汉魏六朝唐人为一炉冶之。”（《八家四六文钞》）与邵齐焘、洪亮吉、刘星炜、袁枚、孙星衍、孔广森、曾燠并称骈文八家。晚年登门求诗者，络绎不绝。 兼工书法，尤其擅长行书、楷书。代表作如《务本论》、《岳飞论》、《与袁简斋前辈书》、《苏文忠公诗合注序》、《湖心泛月记》等。吴锡麒的书法作品为中华人民共和国国家文物局公布为“精品和各时期代表作品不准出境者”。

著有《有正味斋集》73卷。凡诗集16卷，诗续集8卷，外集5卷；骈体文集24卷，骈体文续集8卷；词集8卷，词续集2卷，词外集2卷。有嘉庆间刻本。另有《有正味斋文续集》、《有正味斋尺牍》、《有正味斋曲》、《有正味斋南北曲》、《有正味斋诗》、《有正味斋诗集》、《有正味斋赋稿》等。《藤花曲话》记吴锡麒所作南北曲，“亦复妙墨淋漓”。有《渔家傲》传奇，演汉代严子陵故事，已佚。