26岁入太学，深得杨时的器重。

徽宗当政时，在开封建艮岳，令各地进贡奇花怪石放置其中供赏玩，宋宣和元年（1119年），邓肃呈《花石诗十一章并序》批评那些借献“花石纲”以营私利的阿谀奉承之徒是“饱食官吏不深思，务求新巧日孳孳”。诗中还写道“但愿君王安百姓，圃中无日不东风”。当朝权臣见诗大怒，将邓肃逐出太学，贬回故里。邓肃义无反顾，挥笔写下“填海我如精卫，挡车人笑螳螂。六合群黎有补，一身万段何妨”的诗句，表现了崇高的气节。

靖康元年(1126年)，在复职后的李纲的举荐下，宋钦宗于便殴召见邓肃，赐以进士出身，补承务郎，并授以鸿胪寺主簿之职。同年十二月，邓肃奉命押送金兵勒索的道释版籍前往金营，被扣为人质，在金营的50余天，邓肃毫无奴颜媚骨，镇定自如，借机察看敌营，了解军情。

靖康二年(公元1127年)三月，金兵灭北宋，立楚国，扶张邦昌为傀儡皇帝，原北宋朝廷大臣中卖身求荣、加官进爵者不乏其人。邓肃不为利禄所动，“不食楚粟，饥饿殆不能行，万死一生”奔赴宋高宗赵构行营(《栟榈文集·奏札子》)，表现了坚定的民族气节，被擢为左正言。

面对二帝被俘、山河沦陷的局面，目睹金兵围京之际一些朝廷“重臣”的失节行为，以及高宗朝廷甘守半壁江山、不思收复失土的投降政策，邓肃根据在金营的所见所闻，分析了宋、金双方的实力和胜败的原因，大呼“金人不足畏”，极力主战，并主张严惩失节的朝臣，奖励有功之臣，裁撤平庸之才。他忧国忧君，激愤时曾在3月之内上疏20余道奏议，就连曾在钦宗面前举荐过他的耿南仲也因“沮渡河之战，遏勤王之兵”而受到弹劾。宋高宗嘉奖他“论事正当，甚可取。”赐给五品服，邓肃因此声名大作。

南宋建炎元年(公元1127年)八月十一日，高宗听信谗言，将居相位仅75天的李纲再度罢免，太学生陈东，布衣欧阳澈等为保李纲被斩首。邓肃并未因此而退却，他义无反顾，于当月二十一日再上《论留李纲疏》，明言“纲学虽正而术疏，谋虽深而机浅”，所以，既不足以副高宗“眷注之诚”，又无法周旋于高宗左右的宠臣之间。奏折中还引用宋高宗起用李纲时说“李纲真以身殉国者”的话，含蓄地批评高宗出尔反尔的行为，强调“李纲于此亦不可谓无一日之长也”。

《论留李纲疏》触怒了高宗。建炎元年(1127年)十月，邓肃被免去左正言之职，谪贬回乡。

邓肃为官清廉，两袖清风，回乡后又遇土匪作乱，一家八口人四处躲避，缺衣少食。他在诗中写道：“十年游宦落穷山，妾无衣帛日号寒”；“天宇如许大，八口无处藏。空山四十日。画饼诳饥肠”；“詹成炊饭以搏沙，牛革荐甘真嚼铁……余不供僧僧供余，是事颠倒古所无”。穷困潦倒的生活由此可见。即使在这种状况下，他仍写下“逐客难参国士忧，客枕曾无一夕安”的诗句，表达了忧国忧民的义士本色。

绍兴二年(1132年)五月，邓肃携母避乱于福唐(今福清)，五月初九病逝，年仅42岁，归葬于邓墩，有《栟榈文集》25卷传世。