古方所用之药，当时效验显着，而本草载其功用凿凿者，今根据方施用，竟有应与不应，其故何哉？盖有数端焉∶一则地气之殊也。当时初用之始，必有所产之地，此乃其本生之土，故气浓而力全；以后传种他方，则地气移而力薄矣。一则种类之异也。凡物之种类不一，古人所采，必至贵之种。后世相传，必择其易于繁衍者而种之，未必皆种之至贵者。物虽非伪，而种则殊矣。一则天生与人力之异也。当时所采，皆生于山谷之中，元气未泄，故得气独浓。今皆人功种植，既非山谷之真气，又加灌溉之功，则性平淡而薄劣矣。一则名实之讹也。
当时药不市卖，皆医者自取而备之。迨其后，有不常用之品，后人欲得而用之，寻求采访，或误以他物充之，或以别种代之。又肆中未备，以近似者欺人取利，此药遂失其真矣。其变迁之因，实非一端。药性既殊，即审病极真，处方极当，奈其药非当时之药，即效亦不可必矣。今之医者，惟知定方，其药则惟病家取之肆中，所以真假莫辨。虽有神医，不能以假药治真病也。
卷上·经络脏腑
元气存亡论 躯壳经络脏腑论 表里上下论 阴阳升降论 治病必分经络脏腑论 治病不必分经络脏腑论 肾藏精论 一脏一腑先绝论 君火相火论卷上·脉
诊脉决死生论 症脉轻重论 脉症与病相反论卷上·病
中风论 臌膈论 寒热虚实真假论 内伤外感论 病情传变论 病同人异论 病症不同论 病同因别论 亡阴亡阳论 病有不愈不死虽愈必死 卒死论 病有鬼神论 肾虚非阴症论 吐血不死咳嗽必死论 胎产论 病有不必服药论卷上·方药
方药离合论 古方加减论 方剂古今论 单方论 禁方论 古今方剂大小论 药误不即死论 药石性同用异论 劫剂论 制药论 人参论 用药如用兵论 执方治病论 汤药不足尽病论 本草古今论 药性变迁论 药性专长论 煎药法论 服药法论 医必备药论 乩方论 热药误人最烈论 薄贴论 貌似古方欺人论卷下·治法
司天运气论 医道通治道论 五方异治论 病随国运论 针灸失传论 水病针法论 出奇制病论 治病缓急论 治病分合论 发汗不用燥药论 病不可轻汗论 伤风难治论 攻补寒热同用论 临病患问所便论 治病不必顾忌论 病深非浅药能治论 愈病有日期论 治人必考其验否论 防微论 知病必先知症论 补药可通融论 轻药愈病论 腹内痈论 围药论卷下·书论
《难经》论 《伤寒论》论 《金匮》论 《脉经》论 《千金方》《外台》论 《活人书》论 《太素脉》论 妇科论 痘科论 附：种痘说 幼科论 疡科论 祝由科论 兽医论卷下·古今
四大家论 医家论 医学渊源论 考试医学论 医非人人可学论 名医不可为论 邪说陷溺论 涉猎医书误人论 病家论 医者误人无罪论