《难经》，非经也。以经文之难解者，设为问难以明之，故曰《难经》。言以经文以难而释之也。是书之旨，盖欲推本经旨，发挥至道，剖晰疑义，垂示后学，真读《内经》之津梁也。但其中亦有未尽善者，其问答之词，有即引经文以释之者。经文本目明显，引之或反遗其要，以至经语反晦，或则无所发明，或则与两经相背，或则以此误彼，此其所短也。内中有自出机杼，发挥妙道，未尝见于《内经》，而实能显《内经》之奥义，补《内经》之所未发。此盖别有师承，足与《内经》并垂千古。不知创自越人乎？抑上古亦有此书，而越人引以为证乎？自隋唐以来，其书盛着尊崇之者固多，而无能驳正之者。盖业医之辈，读《难经》而识其大义，已为医道中杰出之流，安能更深考《内经》，求箕异同得失乎？古今流传之载籍，凡有舛误，后人无敢议者，比比然也，独《难经》乎哉？余详余所着《难经经释》中。
卷上·经络脏腑
元气存亡论 躯壳经络脏腑论 表里上下论 阴阳升降论 治病必分经络脏腑论 治病不必分经络脏腑论 肾藏精论 一脏一腑先绝论 君火相火论卷上·脉
诊脉决死生论 症脉轻重论 脉症与病相反论卷上·病
中风论 臌膈论 寒热虚实真假论 内伤外感论 病情传变论 病同人异论 病症不同论 病同因别论 亡阴亡阳论 病有不愈不死虽愈必死 卒死论 病有鬼神论 肾虚非阴症论 吐血不死咳嗽必死论 胎产论 病有不必服药论卷上·方药
方药离合论 古方加减论 方剂古今论 单方论 禁方论 古今方剂大小论 药误不即死论 药石性同用异论 劫剂论 制药论 人参论 用药如用兵论 执方治病论 汤药不足尽病论 本草古今论 药性变迁论 药性专长论 煎药法论 服药法论 医必备药论 乩方论 热药误人最烈论 薄贴论 貌似古方欺人论卷下·治法
司天运气论 医道通治道论 五方异治论 病随国运论 针灸失传论 水病针法论 出奇制病论 治病缓急论 治病分合论 发汗不用燥药论 病不可轻汗论 伤风难治论 攻补寒热同用论 临病患问所便论 治病不必顾忌论 病深非浅药能治论 愈病有日期论 治人必考其验否论 防微论 知病必先知症论 补药可通融论 轻药愈病论 腹内痈论 围药论卷下·书论
《难经》论 《伤寒论》论 《金匮》论 《脉经》论 《千金方》《外台》论 《活人书》论 《太素脉》论 妇科论 痘科论 附：种痘说 幼科论 疡科论 祝由科论 兽医论卷下·古今
四大家论 医家论 医学渊源论 考试医学论 医非人人可学论 名医不可为论 邪说陷溺论 涉猎医书误人论 病家论 医者误人无罪论