凡人之所苦谓之病，所以致此病者谓之因。如同一身热也，有风、有寒、有痰、有食、有阴虚火升，有郁怒，忧思、劳怯、虫病，此谓之因。知其因则不得专以寒凉治热病矣。盖热同而所以致热者不同，则药亦迥异。凡病之因不同，而治各别者尽然，则一病而治法多端矣。
而病又非止一症，必有兼症焉。如身热而腹痛，则腹又为一症，而腹痛之因，又复不同，有与身热相合者，有与身热各别者。如感寒而身热，其腹亦因寒而痛，此相合者也。如身热为寒，其腹痛又为伤食，则各别者也。又必审其食为何食，则以何药消之。其立方之法，必切中二者之病源而后定方，则一药而两病俱安矣。若不问其本病之所因，及兼病之何因，而徒曰某病以某方治之，其偶中者，则投之或愈；再以治他人，则不但不愈而反增病，必自疑曰何以治彼效而治此不效？并前此之何以愈？亦不知之，则幸中者甚少，而误治者甚多！终身治病，而终身不悟，历症愈多而愈惑矣。
卷上·经络脏腑
元气存亡论 躯壳经络脏腑论 表里上下论 阴阳升降论 治病必分经络脏腑论 治病不必分经络脏腑论 肾藏精论 一脏一腑先绝论 君火相火论卷上·脉
诊脉决死生论 症脉轻重论 脉症与病相反论卷上·病
中风论 臌膈论 寒热虚实真假论 内伤外感论 病情传变论 病同人异论 病症不同论 病同因别论 亡阴亡阳论 病有不愈不死虽愈必死 卒死论 病有鬼神论 肾虚非阴症论 吐血不死咳嗽必死论 胎产论 病有不必服药论卷上·方药
方药离合论 古方加减论 方剂古今论 单方论 禁方论 古今方剂大小论 药误不即死论 药石性同用异论 劫剂论 制药论 人参论 用药如用兵论 执方治病论 汤药不足尽病论 本草古今论 药性变迁论 药性专长论 煎药法论 服药法论 医必备药论 乩方论 热药误人最烈论 薄贴论 貌似古方欺人论卷下·治法
司天运气论 医道通治道论 五方异治论 病随国运论 针灸失传论 水病针法论 出奇制病论 治病缓急论 治病分合论 发汗不用燥药论 病不可轻汗论 伤风难治论 攻补寒热同用论 临病患问所便论 治病不必顾忌论 病深非浅药能治论 愈病有日期论 治人必考其验否论 防微论 知病必先知症论 补药可通融论 轻药愈病论 腹内痈论 围药论卷下·书论
《难经》论 《伤寒论》论 《金匮》论 《脉经》论 《千金方》《外台》论 《活人书》论 《太素脉》论 妇科论 痘科论 附：种痘说 幼科论 疡科论 祝由科论 兽医论卷下·古今
四大家论 医家论 医学渊源论 考试医学论 医非人人可学论 名医不可为论 邪说陷溺论 涉猎医书误人论 病家论 医者误人无罪论