圣人之所以全民生也，五谷为养，五果为助，五畜为益，五菜为充，而毒药则以之攻邪。故虽甘草、人参，误用致害，皆毒药之类也。古人好服食者，必生奇疾，犹之好战胜者，必有奇殃。是故兵之设也以除暴，不得已而后兴；药之设也以攻疾，亦不得已而后用，其道同也。故病之为患也，小则耗精，大能伤命，隐然一敌国也。以草木偏性，攻脏腑之偏胜，必能知彼知己，多方以制之，而后天丧身殒命之忧。是故传经之邪，而先夺其未至，则所以断敌之要道也；横暴之疾，而急保其未病，则所以守我之岩疆也；挟宿食而病者，先除其食，则敌之资粮已焚；合旧疾而发者，必防其并，则敌之内应既绝。辨经络而无泛用之药，此之谓向导之师。因寒热而有反用之方，此之谓行间之术。一病而分治之，则用寡可以胜众，使前后不相救，而势自衰。数病而合治之，则并力捣其中坚，使离散无所统，而众悉溃。病方进，则不治其太甚，固守元气所以老其师；病方衰，则必究其所之，更益精锐，所以捣其穴。
若夫虚邪之体攻河过，本和平之药而以峻药补之，衰敝之日不可穷民力也；实邪之伤攻不可缓，用峻厉之药而以常药和之，富强之国可以振威武也。然而选材必当，器械必良，克期不衍，布阵有方，此又不可更仆数也。孙武子十三篇，治病之法尽之矣。
卷上·经络脏腑
元气存亡论 躯壳经络脏腑论 表里上下论 阴阳升降论 治病必分经络脏腑论 治病不必分经络脏腑论 肾藏精论 一脏一腑先绝论 君火相火论卷上·脉
诊脉决死生论 症脉轻重论 脉症与病相反论卷上·病
中风论 臌膈论 寒热虚实真假论 内伤外感论 病情传变论 病同人异论 病症不同论 病同因别论 亡阴亡阳论 病有不愈不死虽愈必死 卒死论 病有鬼神论 肾虚非阴症论 吐血不死咳嗽必死论 胎产论 病有不必服药论卷上·方药
方药离合论 古方加减论 方剂古今论 单方论 禁方论 古今方剂大小论 药误不即死论 药石性同用异论 劫剂论 制药论 人参论 用药如用兵论 执方治病论 汤药不足尽病论 本草古今论 药性变迁论 药性专长论 煎药法论 服药法论 医必备药论 乩方论 热药误人最烈论 薄贴论 貌似古方欺人论卷下·治法
司天运气论 医道通治道论 五方异治论 病随国运论 针灸失传论 水病针法论 出奇制病论 治病缓急论 治病分合论 发汗不用燥药论 病不可轻汗论 伤风难治论 攻补寒热同用论 临病患问所便论 治病不必顾忌论 病深非浅药能治论 愈病有日期论 治人必考其验否论 防微论 知病必先知症论 补药可通融论 轻药愈病论 腹内痈论 围药论卷下·书论
《难经》论 《伤寒论》论 《金匮》论 《脉经》论 《千金方》《外台》论 《活人书》论 《太素脉》论 妇科论 痘科论 附：种痘说 幼科论 疡科论 祝由科论 兽医论卷下·古今
四大家论 医家论 医学渊源论 考试医学论 医非人人可学论 名医不可为论 邪说陷溺论 涉猎医书误人论 病家论 医者误人无罪论