一药有一药之性情功效，其药能治某病，古方中用之以治某病，此显而易见者。然一药不止一方用之，他方用之亦效，何也？盖药之功用，不止一端。在北方，则取其此长；在彼方，则取其彼长。真知其功效之实，自能曲中病情，而得其力。迨至后世，一药所治之病愈多而亦效者，盖古人尚未尽知之，后人屡试而后知，所以历代本草所注药性，较之《神农本经》所注功用增益数倍，盖以此也。但其中有当有不当，不若《神农本草》字字精切耳。又同一热药，而附子之热，与干姜之热，迥乎不同；同一寒药，而石膏之寒，与黄连之寒，迥乎不同。一或误用，祸害立至。盖古人用药之法，并不专取其寒热温凉补泻之性也。或取其气，或取其味，或取其色，或取其形，或取其所生之方，或取嗜好之偏，其药似与病情之寒热温凉补泻若不相关，而投之反有神效。古方中如此者，不可枚举。学人必将《神农本草》字字求其精义之所在，而参以仲景诸方，则圣人之精理自能洞晓。而已之立方，亦必有奇思妙想，深入病机，而天下无难治之症也。
卷上·经络脏腑
元气存亡论 躯壳经络脏腑论 表里上下论 阴阳升降论 治病必分经络脏腑论 治病不必分经络脏腑论 肾藏精论 一脏一腑先绝论 君火相火论卷上·脉
诊脉决死生论 症脉轻重论 脉症与病相反论卷上·病
中风论 臌膈论 寒热虚实真假论 内伤外感论 病情传变论 病同人异论 病症不同论 病同因别论 亡阴亡阳论 病有不愈不死虽愈必死 卒死论 病有鬼神论 肾虚非阴症论 吐血不死咳嗽必死论 胎产论 病有不必服药论卷上·方药
方药离合论 古方加减论 方剂古今论 单方论 禁方论 古今方剂大小论 药误不即死论 药石性同用异论 劫剂论 制药论 人参论 用药如用兵论 执方治病论 汤药不足尽病论 本草古今论 药性变迁论 药性专长论 煎药法论 服药法论 医必备药论 乩方论 热药误人最烈论 薄贴论 貌似古方欺人论卷下·治法
司天运气论 医道通治道论 五方异治论 病随国运论 针灸失传论 水病针法论 出奇制病论 治病缓急论 治病分合论 发汗不用燥药论 病不可轻汗论 伤风难治论 攻补寒热同用论 临病患问所便论 治病不必顾忌论 病深非浅药能治论 愈病有日期论 治人必考其验否论 防微论 知病必先知症论 补药可通融论 轻药愈病论 腹内痈论 围药论卷下·书论
《难经》论 《伤寒论》论 《金匮》论 《脉经》论 《千金方》《外台》论 《活人书》论 《太素脉》论 妇科论 痘科论 附：种痘说 幼科论 疡科论 祝由科论 兽医论卷下·古今
四大家论 医家论 医学渊源论 考试医学论 医非人人可学论 名医不可为论 邪说陷溺论 涉猎医书误人论 病家论 医者误人无罪论