先是，毛文龙驻皮岛以牵敌，二年三月，袁崇焕奏设东江饷司于宁远，令东江自觉华岛转饷，禁登莱商船入市。自是岛中京饷，俱着关宁经略验过，始解朝鲜贡道往宁远，不许过皮岛，商贾不通，岛中大饥取野菜为粮。初，文龙称麾下兵一十余万，朝廷为治饷，兵科给事中王梦尹、翰林编修姜曰广，诣岛阅视，称十万，及登莱道王廷试复裁之，定额二万八千人。文龙大不平，上章请饷，又累奏宁远转饷不便，崇焕不听。又请自往旅顺议之。
六月，崇焕致书文龙曰：知岛中军饥，发饷银十万，至双岛约公会议灭敌。文龙语子承禄曰：昔日彼奏减粮，今又发粮，其迹可疑。承禄曰：渠为抚臣时，已有和议疏，兹复云灭敌，必有他意，不如勿往。文龙思久之。曰：古来战守和，得机即行，原非可执。况我与彼，总为朝廷出力，不必猜疑，遂与部将二十人、家丁百人，引兵三千至双岛，进谒崇燠，慰劳甚至。且曰：辽东海外，止藉贵镇与本部院两人，同心共济方能了局。文龙曰：职在海外数年，日以东事为虑，第饷匮军饥耳。若大人展回天之力，使诸军安饱，指授方略，则功可成矣。
次日，崇焕犒师，每人银一两、米一石、布三疋，已而文龙设宴，甫坐，忽报大清兵万余将渡河东。崇焕遣兵驰救，止留数百人，与文龙款语而罢。三日，崇焕登岛，又大犒师。谓文龙曰：今后贵镇与本部院以旅顺为界，东行贵镇印，西行本部院印。文龙从之。复报河西有警，崇焕思久之，谓文龙曰：愿借贵镇兵一往。文龙即令疾救。
四日，崇焕命军士拢围。文龙不悟。从之入。麾下欲进，袁兵围之止，从官人围。崇焕谓众军士曰：念尔等海外劳苦，每人仅得粮五斗，一家分食，言之痛酸。尔等当受本部院一拜，今后勿忧无粮，只须为朝廷出力。语毕，即拜将士答谢，泪下。
崇焕遂与文龙曰：本部院节制四镇，清严海禁，恐登津受腹心之患，东江粮饷由宁远过亦便，汝何必要解银登津自籴，且虚耗国家多少钱粮，并无实效，要东江何用。文龙曰：公言差矣，职以义旅九十人取镇江，不费朝廷斗米寸铁，抚集辽沈逃民九十余万，罗致各岛，以为犄角，以义取朝鲜粮饷，以信括商贾锱铢，种屯鼓铸，斩将复城，六七年来，止受国家银一百五万两，米九十余万石，犹谓无功虚冒乎？崇焕曰：与汝谈三日，谁知狼子野心，一片欺诳。若杀汝，此一块土，异日岂朝廷所有？文龙曰：督师惟恃节制，何得杀我？崇焕曰：今日非本部院意，乃是上旨。左右色变。文龙自若。乃曰：既出上旨，亦勿辨，遂西望拜曰：臣负朝廷久矣，崇焕命旗牌官张国柄，执剑杀之。
诸将伏尸恸。崇焕曰：止斩文龙一人，余悉供职如故。命殓之，因奏文龙十二罪，并自劾。上以文龙骄悖，命崇焕安心任事，且嘉谕之。时敌警寂然，师旋，闻文龙死，皆哭。崇焕因佯祭曰：昨杀汝是朝廷法，今祭奠是本院情。遂流泪。将士俱泣。崇焕恐变，呼文龙部下曰：若等被主帅侵粮甚苦，今有十万金犒赏，各领三两，众始定。崇焕分其军为四。毛承禄，及旗鼓徐敷奏，东江将刘兴祚，与陈继盛分将之，遂回宁远。
卷一
建州之始 萧子玉伪称都督 抚顺城陷 清河城陷 刘、杜二将军败绩 杨镐逮治 熊廷弼经略辽阳 纪异 光宗贞皇帝 附前梃击青宫一案 红丸一案 熹宗登极 顾慥论辽事 河清 杨嗣昌奏岁饥 熊廷弼回籍卷二
沈阳陷 辽阳陷 袁应泰传 张铨殉节 何廷魁投井 崔儒秀自缢 广宁溃 高邦佐自缢 罗一贵自刎 五监军 附记 熊廷弼传 毛文龙入皮岛 袁崇焕守宁远 毛文龙安州之战 赵率教守锦州 魏忠贤浊乱朝政 杨涟 移宫一案 周顺昌 附魏大中 补前许显纯勘汪文言罗 左光斗 高攀龙 李应升 缪昌期 周宗建 客、魏毒害诸妃 魏忠贤怒张后 异人歌 辛酉七年纪异 丙寅五月初六纪异（北 传国玺出 大清朝改元卷三
信王登极 客氏出宫 陆万龄下狱 崔呈秀回籍 钱元悫参魏忠贤 钱嘉征参忠贤十大罪 魏忠贤谪凤阳 魏忠贤自缢 张瑞图回籍卷四
思宗烈皇帝 倪元璐论东林 瞿式耜六不平 韩一良论贿赂 刘宗周论近功小利 温体仁参钱谦益 袁崇焕陛见 毛文龙鸭绿江之捷 大清收诸部落卷五
刘懋请裁驿递 毛羽健论卫军官兵及屯 张延登请申海禁 南居益请发军饷 无锡灾荒疏略 马懋才备陈大饥 桂王寝殿坍塌 倪元璐疏三案 钦定逆案 乔应甲酿祸 刘应遇败贼 混天王扰延川等县 吴焕奏秦寇 李自成起 袁崇焕谋杀毛文龙 钟万里解梦 逮袁崇焕 满桂战死 刘之纶死节 党还醇良乡殉难 商敬石善射 左应选固守昌黎、何大 志异卷六
志异 陕盗王子顺苗美 秦寇入山西卷七
黄道周疏 吴执御论周延儒 张彝宪总理钱粮 吴牲赈抚 杨鹤受降 贼分三十六营 洪承畴巡抚延绥 山西窦庄 洪承畴擒赵四儿 赵大允斩妇人首 谭雄陷安塞 混天猴陷甘泉 张献忠起 大清兵入塞 志异 张真人请雪卷八
元旦异雪 贼流秦、晋 洪、曹破贼 西澳之捷 马鸣世论三秦 高迎祥诸贼 高宏图削籍 周镳谕用内臣 皇子生 孔有德陷登州 贼首名号 百官进马 志异卷九
周延儒罢相 知推官员 内官监纪 山西贼 河南诸贼 贼犯湖广 邓祖禹骂贼 附记 陈奇瑜威着关陕 志异卷十
志异 袁继咸论拜内官 信口内臣 论罢监视太监 倪元璐请彻监军 陈子壮与温体仁有隙 陈奇瑜总督五省 李自成降叛不常 高杰降贺人龙 庞瑜死节（附王瑞冕） 戴君恩诱斩王刚等 贼陷陈州等处 卢象升剿楚贼 刘楚垣守荆门 曹文衡守唐县 龚元祥霍山骂贼 熊文灿戴罪 童谣 志异2 大清兵入塞卷十一
劾温体仁 罢文震孟 宗秩改授 各举所知 邹维琏告归 董其昌致仕 曹文诏自刎 河南寇流充斥 方震孺守寿州 吴大朴守庐州（附野编 贼陷巢县（亲见者述） 章可试守舒城 贼袭庐江 贼陷无为州（此兼野史 包文达宿松死节 石电战死 黎宏业和州自缢 李继樾守江浦 郑芝龙击刘香老 郑芝龙小传 孝子冯时化 旌贞女郑氏 志异卷十二
陈启新疏三大病根 钱士升论李琎搜括之议 童生瞿昌献白兔 成德下狱 谪金光宸 大清兵入塞 鹿善继定兴被杀 叙守京功 常自裕论流寇 熊文灿代卢象升 张献忠陷应城卷十三
体仁拟旨逮钱、瞿 杨嗣昌建议均输 胡光翰战死 诸将死难卷十四
元帝降乩 陕贼剿降略尽 卢象升战死 邓谦磔死卷十五
内臣 郑鄤本末 郝敬卒 张献忠复叛卷十六
赈民 李自成败而复振 张献忠围桐城 杨卓然议抚卷十七
薛国观赐死 钱祚征骂贼 左良玉屠临颍 张献忠陷泌城等处卷十八
降座揖相 蒋德璟入相 定王仿书 李自成决河灌汴梁 张氏商邱自焚 张献忠陷舒城 洪承畴降大清 造船航海卷十九
元旦失朝 周延儒续记 审吴昌时 李自成陷承天府 左良玉避自成 郧阳古剑 李自成入潼关 黄絅一门尽节 张献忠陷黄州 张献忠屠武昌 张献忠大败 赵某归献忠 袁州兵荒 王汉战死卷二十
元旦文武乱朝班 何腾蛟 东阳许都 蔡懋德太原死节 贼陷真定 初三辛卯李建泰请南迁 卫景瑗传 初十征戚珰助饷 十七贼围京 李自成入北京内城 刘青田绘图 二十四日壬子 奸淫 初四辛酉 二十五壬午 吴三桂请兵始末 附记 野史卷二十一
殉难文臣 李邦华 凌义渠 王家彦 马世奇 刘理顺 周凤翔 吴甘来 赠公一律 许直 金铉 李国祯 殉难臣民 王百户 刘会昌 计翼明 摇烈孝卷二十二
诛戮诸臣 方岳贡 吴邦臣 幸免诸臣 从逆诸臣 杨汝成 赵玉森 魏学濂 吴尔埙 张家玉 孙襄 耿章官 御史 行人司 从贼入都诸逆臣卷二十三
补遗 宋献策及群贼归自成 程源疏略 李建泰出师 李自成入京城 宋献策与李岩议明朝取 总论流寇乱天下卷二十四
五朝大事总论 门户大略 门户大略2 流寇大略