黄帝问曰：“少阴何以主肾？肾何以主水？”
歧伯曰：“肾者，至阴也；至阴者，盛水也；肺者，太阴也；少阴者，冬脉也。故其本在肾，其末在肺，皆积水也。”
帝曰：“肾何以能聚水而生病？”
歧伯曰：“肾者胃之关也，关门不利，故聚水而从其类也。上下溢于皮肤，故为胕肿。胕肿者，聚水而生病也。”
帝曰：“诸水皆生于肾乎？”
曰：“肾者牝脏也，地气上者属于肾，而生水液也，故曰至阴。勇而劳甚，则肾汗出，肾汗出逢于风，内不得入于脏腑，外不得越于皮肤，客于玄府，行于皮里，传于胕肿，本之于肾，名曰风水。所谓玄府者，汗孔也。”
帝曰：“水俞五十七处者，是何主也？”
歧伯曰：“肾俞五十七穴，积阴之所聚也，水所从出入也。尻上五行行五者，此肾俞，故水病下为胕肿大腹，上为喘呼，不得卧者，标本俱病，故肺为喘呼？肾为水肿，肺为逆不得卧，分为相输俱受者，水气之所留也。伏兔上各二行行五者，此肾之街也，三阴之所交结于脚也。踝上各一行行六者，此肾脉之下行也，名曰太冲。凡五十七穴者，皆脏之阴络，水之所客也。”
帝曰：“春取络脉分肉何也？”
曰：“春者木始治，肝气始生，肝气急，其风疾，经脉常深，其气少，不能深入，故取络脉分肉间。”
帝曰：“夏取盛经分腠何也？”
曰：“夏者火始治，心气始长，脉瘦气弱，阳气流溢，热熏分腠，内至于经，故取盛经分腠，绝肤而病去者，邪居浅也。所谓盛经者，阳脉也。”
帝曰：“秋取经俞何也？”
曰：“秋者金始治，肺将收杀，金将胜火，阳气在合，阴气初胜，湿气及体，阴气未盛，未能深入，故取俞以泻阴邪，取合以虚阳邪，阳气始衰，故取于合。”
帝曰：“冬取井荥何也？”
曰：“冬者水始治，肾方闭，阳气衰少，阴气坚盛，巨阳伏沉，阳气乃去，故取井以下阴逆，取荥以实阳气。故曰：「冬取井荥，春不鼽衄。」此之谓也。”
帝曰：“夫子言治热病五十九俞，愿闻其处，因闻其意。”
歧伯曰：“头上五行行五者，以越诸阳之热逆也。大杼、膺俞、缺盆、背俞、此八者，以泻胸中之热也；气街、三里、巨虚上下廉，此八者，以泻胃中之热也；云门、髃骨、委中、髓空、此八者，以泻四肢之热也；五脏俞旁五，此十者，以泻五脏之热也。凡此五十九穴者，皆热之左右也。”
帝曰：“人伤于寒而传为热，何也？”
歧伯曰：“夫寒盛，则生热也。”
卷一
针道源流 针灸直指 刺热论 刺疟论 刺咳论 刺腰痛论 奇病论 刺要论 刺齐论 刺志论 长刺节论 皮部论 经络论 骨空论 刺水热穴论 调经论 缪刺论 经刺论 巨刺论 卫气行论 诊要经终论 刺禁论 刺法论 五刺应五脏论 九刺应九变论 十二刺应十二经论 手足阴阳经脉刺论 标本论 难经卷二
周身经穴赋（医经小学 百症赋（聚英） 标幽赋（杨氏注解） 席弘赋（针灸大全） 金针赋（杨氏注解） 玉龙赋（聚英） 通玄指要赋（杨氏注解 灵光赋（针灸大全） 兰江赋（杨氏书） 流注指微赋（窦氏）卷三
五运主病歌（医经小学 六气为病歌 百穴法歌（神应经） 十二经脉歌（聚英） 玉龙歌（杨氏注解） 胜玉歌（杨氏） 杂病穴法歌（医学入门 杂病十一穴歌 长桑君天星秘诀歌 马丹阳天星十二穴治杂 四总穴歌 肘后歌 回阳九针歌 针内障秘歌（杨氏） 针内障要歌 补泻雪心歌（聚英） 行针总要歌 行针指要歌 刺法启玄歌（六言） 针法歌 策卷四
背部俞穴歌 腹部中穴歌 中指取寸 素问九针论 内经补泻 难经补泻 神应经补泻 南丰李氏补泻 四明高氏补泻 三衢杨氏补泻 生成数（聚英） 经络迎随设为问答（杨 禁针穴歌 禁灸穴歌 太乙歌 尻神禁忌 人神禁忌卷五
十二经井穴（杨氏） 井荥俞原经合歌（医经 徐氏子午流注逐日按时 十二经纳干支歌 流注图 论子午流注法（徐氏） 流注开阖（医学入门） 流注时日 臟腑井滎俞經合主治（ 十二经是动所生病补泻 十二經之原歌 十二经病井荥俞经合补 十二经气血多少歌 十二经治症主客原经（ 九宮歌 八法歌 八法交会八脉 八法交会歌 八法交会八穴歌 八脉配八卦歌 八穴配合歌 刺法启玄歌（五言） 八法五虎建元日时歌 八法逐日干支歌 八法临时干支歌 八脉图并治症穴 八法手诀歌（聚英）卷六
五脏六腑 十四经脉长短尺寸 脏腑十二经穴起止歌 手太阴肺经 手阳明大肠经 足阳明胃经 足太阴经穴主治 手少阴心经 手太阳小肠经 足太阳膀胱经 足少阴肾经卷七
手厥阴心包经 手少阳三焦经 足少阳胆经 足厥阴肝经 任脉 督脉 督任要穴（杨氏） 奇经八脉歌（医经小学 奇经八脉（节要） 十五络脉歌（医经小学 十五络脉穴辨（医统） 十五络脉（节要） 十二经筋（节要） 五脏募穴（聚英） 八会 看部取穴 治病要穴（医学入门） 经外奇穴（杨氏） 穴同名异类（聚英）卷八
穴法（神应经） 诸风门 伤寒门 痰喘咳嗽门 诸般积聚门 腹痛胀满门 心脾胃门 心邪癫狂门 霍乱门 疟疾门 肿胀门（附：红疸黄疸 汗门 痹厥门 肠痔大便门 阴疝小便门 头面门 咽喉门 耳目门 鼻口门 胸背胁门 手足腰腋门 妇人门 小儿门 疮毒门 续增治法卷九
治症总要（杨氏） 东垣针法（聚英） 名医治法（聚英） 孙真人针十三鬼穴歌 捷要灸法（医学入门） 崔氏取四花穴法 取膏肓穴法（医学入门 骑竹马灸穴法 灸劳穴法（聚英）；取 取灸心气法；取灸痔漏 灸结胸伤寒法；灸阴毒 雷火针法；蒸脐治病法 相天时；千金灸法；宝 艾叶医统；艾灸补泻； 壮数多少；灸法；炷火 灸寒热；灸疮要法；贴 灸疮膏法；洗灸疮；灸 医案（杨氏）卷十
保婴神术（按摩经） 手法歌 观形察色法 面部五位歌 命门部位歌 阳掌图各穴手法仙诀 阴掌图各穴手法仙诀 小儿针 初生调护 面色图歌 察色验病生死诀 汤氏歌 内八段锦 外八段锦 入门歌 三关 六筋 治小儿诸惊推揉等法 补遗