黄帝问曰：“人虚即神游失守位，使鬼神外干，是致夭亡，何以全真？愿闻刺法。”
歧伯曰：“神移失守，虽在其体，然不致死，或有邪干，故令夭寿。只如厥阴失守，天已虚，人气肝虚，感天重虚，即魂游于上。邪干厥阴大气，身温犹可刺之，刺足少阳之所过。咒曰：「太上元君，郁郁青龙，常居其左，制之三魂。」诵三遍，次呼三魂名：「爽灵、胎光、幽精。」诵三遍，次想青龙于穴下，刺之可徐徐出针，亲令人按气于口中，腹中鸣者可活；次刺肝之俞，咒曰：「太微帝君，元英制魂，贞元及本，令人青云」。又呼三魂名如前三遍。
肝虚、天虚、又遇出汗，是谓三虚。神游上位，左无英君，神光不聚，白尸鬼至，令人卒亡。目有神采，心腹尚温，口中无涎，舌卵不缩。丘墟穴、针三分。九椎下两旁。针三分，留三呼，次进一分，留三呼，复退二分，留一呼，徐徐出针，气及复活。
人病心虚，又遇君相二火，司天失守，感而三虚，遇火不及，黑尸鬼犯之，
令人暴亡。可刺手少阳之所过。咒曰：「太乙帝君，泥丸总神，丹无黑气，来复其真。」诵三遍，想赤凤于穴下。复刺心俞，咒曰：「丹房守灵，五帝上清，阳和布体，来复黄庭。」诵三遍。
舌卵不缩、目神不变。阳池。刺三分，留一呼，次进一分，留三呼，复退留一呼，徐出扪穴，即令复活。五椎两旁。刺法同前。
人脾病，又遇太阴司天失守，感而三虚。又遇土不及，青尸鬼犯之，令人暴亡。可刺足阳明之所过。咒曰：「常在魂庭，始清太宁，元和布气，六甲及真。」诵三遍，先想黄庭于穴下。复刺脾俞，咒曰：「大始干位，总统坤元，黄庭真气，来复游全。」诵三遍。
智意二神，游于上位，故曰失守。冲阳。刺三，留三，次进二，留一呼，徐徐出，以手扪。十一椎下两旁。刺三，留二，进五，动气至，徐出针。
人肺病，遇阳明司天失守，感而三虚。又遇金不及，有赤尸鬼干人，令人
暴亡。可刺手阳明之所过。咒曰：「青气真全，帝符日元，七魄归右，今复本田。」诵三遍，想白虎于穴下。复刺肺俞，咒曰：「左元真人，六合气宾，天符帝力，来入其门。」诵三遍。
合谷。刺三，留三，次进二，留三，复退，留一，徐出，手扪。三椎下两旁。针一分半，留三呼，次进二分，留一呼，徐出，手扪。
人肾病，又遇太阳司天失守，感而三虚。又遇水运不及之年，有黄尸鬼干人正气，吸人神魂，致暴亡。可刺足太阳之所过。咒曰：「元阳肓婴，五老及真，泥丸玄华，补精长存。」想黑气于穴下。复刺肾俞，咒曰：「天玄日晶，太和昆灵，贞元内守，持入始清。」诵三遍。
京骨。刺一分半，留三呼，进三分，留一呼，徐出针扪穴。十四椎下两旁。刺三分，留三呼，进三分，留三呼，徐徐出针扪穴。
卷一
针道源流 针灸直指 刺热论 刺疟论 刺咳论 刺腰痛论 奇病论 刺要论 刺齐论 刺志论 长刺节论 皮部论 经络论 骨空论 刺水热穴论 调经论 缪刺论 经刺论 巨刺论 卫气行论 诊要经终论 刺禁论 刺法论 五刺应五脏论 九刺应九变论 十二刺应十二经论 手足阴阳经脉刺论 标本论 难经卷二
周身经穴赋（医经小学 百症赋（聚英） 标幽赋（杨氏注解） 席弘赋（针灸大全） 金针赋（杨氏注解） 玉龙赋（聚英） 通玄指要赋（杨氏注解 灵光赋（针灸大全） 兰江赋（杨氏书） 流注指微赋（窦氏）卷三
五运主病歌（医经小学 六气为病歌 百穴法歌（神应经） 十二经脉歌（聚英） 玉龙歌（杨氏注解） 胜玉歌（杨氏） 杂病穴法歌（医学入门 杂病十一穴歌 长桑君天星秘诀歌 马丹阳天星十二穴治杂 四总穴歌 肘后歌 回阳九针歌 针内障秘歌（杨氏） 针内障要歌 补泻雪心歌（聚英） 行针总要歌 行针指要歌 刺法启玄歌（六言） 针法歌 策卷四
背部俞穴歌 腹部中穴歌 中指取寸 素问九针论 内经补泻 难经补泻 神应经补泻 南丰李氏补泻 四明高氏补泻 三衢杨氏补泻 生成数（聚英） 经络迎随设为问答（杨 禁针穴歌 禁灸穴歌 太乙歌 尻神禁忌 人神禁忌卷五
十二经井穴（杨氏） 井荥俞原经合歌（医经 徐氏子午流注逐日按时 十二经纳干支歌 流注图 论子午流注法（徐氏） 流注开阖（医学入门） 流注时日 臟腑井滎俞經合主治（ 十二经是动所生病补泻 十二經之原歌 十二经病井荥俞经合补 十二经气血多少歌 十二经治症主客原经（ 九宮歌 八法歌 八法交会八脉 八法交会歌 八法交会八穴歌 八脉配八卦歌 八穴配合歌 刺法启玄歌（五言） 八法五虎建元日时歌 八法逐日干支歌 八法临时干支歌 八脉图并治症穴 八法手诀歌（聚英）卷六
五脏六腑 十四经脉长短尺寸 脏腑十二经穴起止歌 手太阴肺经 手阳明大肠经 足阳明胃经 足太阴经穴主治 手少阴心经 手太阳小肠经 足太阳膀胱经 足少阴肾经卷七
手厥阴心包经 手少阳三焦经 足少阳胆经 足厥阴肝经 任脉 督脉 督任要穴（杨氏） 奇经八脉歌（医经小学 奇经八脉（节要） 十五络脉歌（医经小学 十五络脉穴辨（医统） 十五络脉（节要） 十二经筋（节要） 五脏募穴（聚英） 八会 看部取穴 治病要穴（医学入门） 经外奇穴（杨氏） 穴同名异类（聚英）卷八
穴法（神应经） 诸风门 伤寒门 痰喘咳嗽门 诸般积聚门 腹痛胀满门 心脾胃门 心邪癫狂门 霍乱门 疟疾门 肿胀门（附：红疸黄疸 汗门 痹厥门 肠痔大便门 阴疝小便门 头面门 咽喉门 耳目门 鼻口门 胸背胁门 手足腰腋门 妇人门 小儿门 疮毒门 续增治法卷九
治症总要（杨氏） 东垣针法（聚英） 名医治法（聚英） 孙真人针十三鬼穴歌 捷要灸法（医学入门） 崔氏取四花穴法 取膏肓穴法（医学入门 骑竹马灸穴法 灸劳穴法（聚英）；取 取灸心气法；取灸痔漏 灸结胸伤寒法；灸阴毒 雷火针法；蒸脐治病法 相天时；千金灸法；宝 艾叶医统；艾灸补泻； 壮数多少；灸法；炷火 灸寒热；灸疮要法；贴 灸疮膏法；洗灸疮；灸 医案（杨氏）卷十
保婴神术（按摩经） 手法歌 观形察色法 面部五位歌 命门部位歌 阳掌图各穴手法仙诀 阴掌图各穴手法仙诀 小儿针 初生调护 面色图歌 察色验病生死诀 汤氏歌 内八段锦 外八段锦 入门歌 三关 六筋 治小儿诸惊推揉等法 补遗