黄帝问曰：“刺疟奈何？”
歧伯对曰：“足太阳之疟，令人腰痛头重，寒从背起，先寒后热，熇熇暍暍然，热止汗出。难已，刺郄中出血。足少阳之疟，令人身体解筩，寒不甚，热不甚，恶见人，见人心惕惕然，热多汗出甚，刺足少阳。足阳明之疟，令人先寒，洒淅洒淅，寒甚久乃热，热去汗出，喜见日月光火气，乃快然，刺足阳明跗上。足太阴之疟，令人不乐，好太息，不嗜食，多寒热汗出，病至则善呕，呕已乃衰，即取之。足少阴之疟，令人呕吐甚，多寒热，热多寒少，欲闭户牖而处，其病难已。足厥阴之疟，令人腰痛，少腹满，小便不利，如癃状，非癃也，数便，意恐惧，气不足，腹中悒悒，刺足厥阴。
一云金门，一云委中，针三分，若灸，可五壮。太冲针三分，灸可三壮。冲阳针三分，灸可三壮。公孙针四分，灸可三壮。大钟针二分，太溪针三分，各灸三壮。侠溪针三分，灸可三壮。
肺疟者，令人心寒，寒甚热，热间善惊，如有所见者，刺手太阴、阳明。心疟者，令人烦心甚，欲得清水，反寒多，不甚热，刺手少阴。肝疟者，令人色苍苍然，太息，其状若死者，刺足厥阴见血。脾疟者，令人寒，腹中痛，热则肠中鸣，鸣已汗出，刺足太阴。肾疟者，令人洒洒然，腰脊痛宛转，大便难，目眴眴然，手足寒，刺足太阳、少阴。胃疟者，令人且病也，善饥而不能食，食而支满腹大，刺足阳明、太阴横脉出血。
神门针三分，灸可三壮。中封针四分，灸可三壮。商丘针三分，灸可三壮。列缺针三分，灸五壮；合谷针三分，灸三壮。足太阳金门，足少阴太溪。厉兑针一分，灸一壮；解溪针五分，灸二壮；三里针一寸，灸三壮；太阴横脉，在内踝前，斜过大脉宜出血。
疟发，身方热，刺跗上动脉，开其孔，出其血，立寒；疟方欲寒，刺手阳明、太阴，足阳明、太阴。疟脉满大急，刺背俞，用中针傍五胠俞各一，适肥瘦，出其血。疟脉小实急，灸胫少阴，刺指井。疟脉满大急，刺背俞，用五胠俞、背俞各一，适行至于血也。疟脉缓大虚，便宜用药，不宜用针。凡治疟，先发如食顷，乃可以治，过之，则失时也。诸疟而脉不见，刺十指间出血，血去必已。先视之赤如小豆者，尽取之。
谓阳明脉。亦开孔出血。五胠俞谓譩嘻。复溜针三分，灸可五壮；井谓至阴，针一分，灸可三壮。
十二疟者，其发各不同时，察其病形，以知其何脉之病也。先其发时，如食顷而刺之，一刺则衰，二刺则知，三刺则已。不已，刺舌下两脉出血；不已，刺郄中盛经出血，又刺项以下侠脊者，必已。舌下两脉者廉泉也。
侠脊者谓大杼，针三分，灸五壮；风门热府，针五分，灸可五壮。针三分，灸三壮。
刺疟者，必先问其病之所先发者，先刺之。先头痛及重者，先刺头上及两额、两眉间出血；先项背痛者，先刺之；先腰脊痛者，先刺郄中出血；先手臂痛者，先刺手少阴、阳明，十指间；先足胫酸痛者，先刺足阳明，十指间出血。”
头谓上星、百会，额谓悬颅，眉间谓攒竹等穴是也。风池、风府、大杼、神道。
风疟，疟发则汗出恶风，刺三阳经背俞之血者。胻酸痛甚，按之不可，名曰胕髓病，以镵针针绝骨出血，立已。身体小痛，刺至阴，诸阴之井，无出血，间日一刺。疟不渴，间日而作，刺足太阳，渴而间日作，刺足少阳。温疟汗不出，为五十九刺。”
卷一
针道源流 针灸直指 刺热论 刺疟论 刺咳论 刺腰痛论 奇病论 刺要论 刺齐论 刺志论 长刺节论 皮部论 经络论 骨空论 刺水热穴论 调经论 缪刺论 经刺论 巨刺论 卫气行论 诊要经终论 刺禁论 刺法论 五刺应五脏论 九刺应九变论 十二刺应十二经论 手足阴阳经脉刺论 标本论 难经卷二
周身经穴赋（医经小学 百症赋（聚英） 标幽赋（杨氏注解） 席弘赋（针灸大全） 金针赋（杨氏注解） 玉龙赋（聚英） 通玄指要赋（杨氏注解 灵光赋（针灸大全） 兰江赋（杨氏书） 流注指微赋（窦氏）卷三
五运主病歌（医经小学 六气为病歌 百穴法歌（神应经） 十二经脉歌（聚英） 玉龙歌（杨氏注解） 胜玉歌（杨氏） 杂病穴法歌（医学入门 杂病十一穴歌 长桑君天星秘诀歌 马丹阳天星十二穴治杂 四总穴歌 肘后歌 回阳九针歌 针内障秘歌（杨氏） 针内障要歌 补泻雪心歌（聚英） 行针总要歌 行针指要歌 刺法启玄歌（六言） 针法歌 策卷四
背部俞穴歌 腹部中穴歌 中指取寸 素问九针论 内经补泻 难经补泻 神应经补泻 南丰李氏补泻 四明高氏补泻 三衢杨氏补泻 生成数（聚英） 经络迎随设为问答（杨 禁针穴歌 禁灸穴歌 太乙歌 尻神禁忌 人神禁忌卷五
十二经井穴（杨氏） 井荥俞原经合歌（医经 徐氏子午流注逐日按时 十二经纳干支歌 流注图 论子午流注法（徐氏） 流注开阖（医学入门） 流注时日 臟腑井滎俞經合主治（ 十二经是动所生病补泻 十二經之原歌 十二经病井荥俞经合补 十二经气血多少歌 十二经治症主客原经（ 九宮歌 八法歌 八法交会八脉 八法交会歌 八法交会八穴歌 八脉配八卦歌 八穴配合歌 刺法启玄歌（五言） 八法五虎建元日时歌 八法逐日干支歌 八法临时干支歌 八脉图并治症穴 八法手诀歌（聚英）卷六
五脏六腑 十四经脉长短尺寸 脏腑十二经穴起止歌 手太阴肺经 手阳明大肠经 足阳明胃经 足太阴经穴主治 手少阴心经 手太阳小肠经 足太阳膀胱经 足少阴肾经卷七
手厥阴心包经 手少阳三焦经 足少阳胆经 足厥阴肝经 任脉 督脉 督任要穴（杨氏） 奇经八脉歌（医经小学 奇经八脉（节要） 十五络脉歌（医经小学 十五络脉穴辨（医统） 十五络脉（节要） 十二经筋（节要） 五脏募穴（聚英） 八会 看部取穴 治病要穴（医学入门） 经外奇穴（杨氏） 穴同名异类（聚英）卷八
穴法（神应经） 诸风门 伤寒门 痰喘咳嗽门 诸般积聚门 腹痛胀满门 心脾胃门 心邪癫狂门 霍乱门 疟疾门 肿胀门（附：红疸黄疸 汗门 痹厥门 肠痔大便门 阴疝小便门 头面门 咽喉门 耳目门 鼻口门 胸背胁门 手足腰腋门 妇人门 小儿门 疮毒门 续增治法卷九
治症总要（杨氏） 东垣针法（聚英） 名医治法（聚英） 孙真人针十三鬼穴歌 捷要灸法（医学入门） 崔氏取四花穴法 取膏肓穴法（医学入门 骑竹马灸穴法 灸劳穴法（聚英）；取 取灸心气法；取灸痔漏 灸结胸伤寒法；灸阴毒 雷火针法；蒸脐治病法 相天时；千金灸法；宝 艾叶医统；艾灸补泻； 壮数多少；灸法；炷火 灸寒热；灸疮要法；贴 灸疮膏法；洗灸疮；灸 医案（杨氏）卷十
保婴神术（按摩经） 手法歌 观形察色法 面部五位歌 命门部位歌 阳掌图各穴手法仙诀 阴掌图各穴手法仙诀 小儿针 初生调护 面色图歌 察色验病生死诀 汤氏歌 内八段锦 外八段锦 入门歌 三关 六筋 治小儿诸惊推揉等法 补遗