手太阴兮大指侧，少商、鱼际兮太渊穴。经渠兮列缺，孔最兮尺泽。侠白共天府为邻，云门与中府相接。
手阳明兮，大肠之经。循商阳兮，二三而行。历合谷、阳溪之溪，过偏历、温溜之滨。下廉、上廉、三里而近，曲池、肘髎、五里之程。臑髃上于巨骨，天鼎纡乎扶突。禾唇连，迎香鼻迫。
左右共二十二穴。二间、三间也。即臂臑、肩髃二穴。左右共四十穴。
胃乃足之阳明，厉兑趋乎内庭。过陷谷、冲阳之分，见解溪、丰隆之神。下巨虚兮条口陈，上巨虚兮三里仍。犊鼻引入于梁丘、阴市之下，伏兔上贯于髀关、气冲之经。归来兮水道，大巨兮外陵。运天枢兮滑肉，礼太乙兮关门。梁门兮承满，不容兮乳根。乳中之膺窗、屋翳，库房之气户、缺盆。气舍、水突，人迎、大迎。地仓兮巨髎续，四白兮承泣分。御颊车于下关，张头维于额垠。
足太阴兮脾中州，隐白出兮大指头。赴大都兮瞻太白，访公孙兮至商丘。越三阴之交而漏谷、地机可即，步阴陵之泉而血海、箕门是求。入冲门兮府舍轩豁，解腹结兮大横优游。腹哀、食窦兮，接天溪而同派；胸乡、周荣兮，缀大包而如钩。
左右共九十穴。左右共四十二穴。
迨夫真心为手少阴，少冲出乎小指，少府直乎神门。阴郄、通里兮，灵道非远；少海、青灵兮，极泉何深。
手之太阳，小肠之荣。路从少泽步前谷、后溪之隆，道遵腕骨观阳谷、养老之崇。得支正于小海，逐肩贞以相从。值臑腧兮遇天宗，乘秉风兮曲垣中。肩外俞兮肩中俞，启天窗兮见天容。匪由颧髎，曷造听宫。
左右共十八穴。左右共三十八穴。
足膀胱兮太阳，交背部之二行。穷至阴于通谷之口，寻束骨于京骨之乡。申脉命仆参以前导，昆仑辟金门于踝旁。奋附阳、飞扬之志，转承山、承筋之行。至于合阳、委中、委阳、浮郄、殷门以歧往，承扶、秩边而胞肓。入志室兮肓门、胃仓，开意舍兮振彼阳纲。出魂门兮膈关，乃譩嘻乎神堂。膏肓兮在四椎之左右，魄户兮随附分而会阳。下、中、次、上之髎，白环、中膂之房。膀胱俞兮小肠，大肠俞兮在旁。三焦、肾俞兮胃俞接，脾、胆、肝、膈兮心俞当。厥阴、肺俞之募，风门、大杼之方。天柱坚兮玉枕、络却，通天溪兮见彼承光。自五处、曲差而下，造攒竹、睛明之场。
足少阴兮肾属，涌泉流于然谷。太溪、大钟兮水泉缘，照海、复溜兮交信续。从筑宾兮上阴谷，掩横骨兮大赫麓。气穴、四满兮中注，肓俞上通兮商曲。守石关兮阴都宁，闭通谷兮幽门肃。步廊、神封而灵墟存，神藏、彧中而俞府足。
左右共一百二十六穴。左右共五十四穴。
手厥阴心包之络，中冲发中指之奇。自劳宫、大陵而往，逐内关、间使而驰。叩郄门于曲泽，酌天泉于天池。
手少阳三焦之脉，在小指次指之端。关冲开乎液门、中渚、阳池、外关。支沟、会宗、三阳络，四渎、天井、清冷渊，消泺、臑会、肩髎相连。天窗处天牖之下，翳风让瘈脉居先。颅息定而角孙近耳，丝竹空而和髎倒悬。耳门既辟，夏蚋闻焉。
左右共十八穴。左右共四十六穴。
足少阳兮胆经，穴乃出乎窍阴，沂侠溪兮地五会，过临泣兮丘墟平。悬钟兮阳辅、光明，外丘兮阳交、阳陵。西出阳关兮，抵中渎、风市之境；环跳、居髎兮，循维道、五枢之宫。考夫带脉，询至京门。日月丽兮辄筋荣，渊液泄兮肩井盈。临风池兮脑空鸣，穷窍阴兮完骨明。举浮白于天冲，接承灵于正营。目窗兮临泣，阳白兮本神。率谷回兮曲鬓出，悬厘降兮悬颅承。颔厌兮嘉客主人，听会兮瞳子髎迎。
厥阴在足，肝经所钟。起大敦于行间，循太冲于中封。蠡沟、中都之会，膝关、曲泉之宫。袭阴包于五里兮，阴廉乃发；寻羊矢于章门兮，期门可攻。
左右共八十八穴。左右共二十八穴。
至若任脉行乎腹与胸，承浆泄兮廉泉通。窥天突于璇玑，捣华盖于紫宫。登玉堂兮膻中集，履中庭兮鸠尾冲。瞻巨阙兮二脘上中，过建里兮下脘攸同。水分兮神阙缥缈，阴交兮气海鸿蒙。石门直兮关元、中极，曲骨横兮会阴乃终。
督脉行乎背部中，兑端接兮龈交从。素髎在面兮，水沟疏通；神庭入发兮，上星瞳蒙。顖会现兮前顶，百会俨兮尊崇。后顶辅兮强间逢，脑户闭兮风府空。哑门通于大椎兮，陶道夷坦；身柱缥于神道兮，灵台穹窿。至阳立下，筋缩、脊中；接脊悬枢，命门重重。歌阳关兮舞腰俞，愿长强兮寿无穷。
凡二十四穴。凡二十七穴。
卷一
针道源流 针灸直指 刺热论 刺疟论 刺咳论 刺腰痛论 奇病论 刺要论 刺齐论 刺志论 长刺节论 皮部论 经络论 骨空论 刺水热穴论 调经论 缪刺论 经刺论 巨刺论 卫气行论 诊要经终论 刺禁论 刺法论 五刺应五脏论 九刺应九变论 十二刺应十二经论 手足阴阳经脉刺论 标本论 难经卷二
周身经穴赋（医经小学 百症赋（聚英） 标幽赋（杨氏注解） 席弘赋（针灸大全） 金针赋（杨氏注解） 玉龙赋（聚英） 通玄指要赋（杨氏注解 灵光赋（针灸大全） 兰江赋（杨氏书） 流注指微赋（窦氏）卷三
五运主病歌（医经小学 六气为病歌 百穴法歌（神应经） 十二经脉歌（聚英） 玉龙歌（杨氏注解） 胜玉歌（杨氏） 杂病穴法歌（医学入门 杂病十一穴歌 长桑君天星秘诀歌 马丹阳天星十二穴治杂 四总穴歌 肘后歌 回阳九针歌 针内障秘歌（杨氏） 针内障要歌 补泻雪心歌（聚英） 行针总要歌 行针指要歌 刺法启玄歌（六言） 针法歌 策卷四
背部俞穴歌 腹部中穴歌 中指取寸 素问九针论 内经补泻 难经补泻 神应经补泻 南丰李氏补泻 四明高氏补泻 三衢杨氏补泻 生成数（聚英） 经络迎随设为问答（杨 禁针穴歌 禁灸穴歌 太乙歌 尻神禁忌 人神禁忌卷五
十二经井穴（杨氏） 井荥俞原经合歌（医经 徐氏子午流注逐日按时 十二经纳干支歌 流注图 论子午流注法（徐氏） 流注开阖（医学入门） 流注时日 臟腑井滎俞經合主治（ 十二经是动所生病补泻 十二經之原歌 十二经病井荥俞经合补 十二经气血多少歌 十二经治症主客原经（ 九宮歌 八法歌 八法交会八脉 八法交会歌 八法交会八穴歌 八脉配八卦歌 八穴配合歌 刺法启玄歌（五言） 八法五虎建元日时歌 八法逐日干支歌 八法临时干支歌 八脉图并治症穴 八法手诀歌（聚英）卷六
五脏六腑 十四经脉长短尺寸 脏腑十二经穴起止歌 手太阴肺经 手阳明大肠经 足阳明胃经 足太阴经穴主治 手少阴心经 手太阳小肠经 足太阳膀胱经 足少阴肾经卷七
手厥阴心包经 手少阳三焦经 足少阳胆经 足厥阴肝经 任脉 督脉 督任要穴（杨氏） 奇经八脉歌（医经小学 奇经八脉（节要） 十五络脉歌（医经小学 十五络脉穴辨（医统） 十五络脉（节要） 十二经筋（节要） 五脏募穴（聚英） 八会 看部取穴 治病要穴（医学入门） 经外奇穴（杨氏） 穴同名异类（聚英）卷八
穴法（神应经） 诸风门 伤寒门 痰喘咳嗽门 诸般积聚门 腹痛胀满门 心脾胃门 心邪癫狂门 霍乱门 疟疾门 肿胀门（附：红疸黄疸 汗门 痹厥门 肠痔大便门 阴疝小便门 头面门 咽喉门 耳目门 鼻口门 胸背胁门 手足腰腋门 妇人门 小儿门 疮毒门 续增治法卷九
治症总要（杨氏） 东垣针法（聚英） 名医治法（聚英） 孙真人针十三鬼穴歌 捷要灸法（医学入门） 崔氏取四花穴法 取膏肓穴法（医学入门 骑竹马灸穴法 灸劳穴法（聚英）；取 取灸心气法；取灸痔漏 灸结胸伤寒法；灸阴毒 雷火针法；蒸脐治病法 相天时；千金灸法；宝 艾叶医统；艾灸补泻； 壮数多少；灸法；炷火 灸寒热；灸疮要法；贴 灸疮膏法；洗灸疮；灸 医案（杨氏）卷十
保婴神术（按摩经） 手法歌 观形察色法 面部五位歌 命门部位歌 阳掌图各穴手法仙诀 阴掌图各穴手法仙诀 小儿针 初生调护 面色图歌 察色验病生死诀 汤氏歌 内八段锦 外八段锦 入门歌 三关 六筋 治小儿诸惊推揉等法 补遗